edittag

edittag is een toepassing voor het ontwerpen van de collectie sets bewerken metrische sequence tags, het controleren van sequence tags voor bevestiging aan het bewerken metrische, en het integreren van sequence tags naar platform-specifieke sequencing adapters en PCR-primers. edittag verschilt van andere benaderingen:
& Nbsp; * edittag genereert willekeurige lengtes bewerken-metrische sequence tags in een redelijke termijn met behulp van multiprocessing
& Nbsp; * edittag produceert bewerken metrische sequence tag sets voldoen aan de bewerking afstand gekozen
& Nbsp; * edittag gebruikt Primer3 om sequence tags om PCR-primers te integreren
Wij bieden diverse grote sets bewerken metrische sequentietags ontworpen met behulp van edittag in de volgende formaten:
& Nbsp; * tekst - dit bestand in een geschikt formaat voor check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite-database
Visum
Faircloth BC, Glenn TC. Grote sets van bewerk-metrische Sequence Identification
tags om grootschalige multiplexing vergemakkelijken van de leest van massaal
parallel sequencing. doi_
Installatie:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
teer -xzf package.tar.gz
python setup.py installeren
opslagplaats
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
optiepakket (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py installeren
optiepakket (Primer3)
Als u wenst om primers te ontwerpen waarin bewerken metrische sequence tags, moet u eerst een aangepaste versie van Primer3 installeren:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
maken
make install
Zorg ervoor dat u de binaries van mod-Primer3 verplaatsen naar een locatie op je pad (beweeg tenminste-Primer3 lang en primer3_config in dezelfde map op je pad). Vervolgens kunt u

Eisen

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-Primer3