Staden Package is een volledig ontwikkelde reeks van DNA-sequentie assemblage (Gap4), bewerken en analyse-instrumenten (Spin) voor Unix, Linux, MacOSX en MS Windows.
Op de Gap4 voorzijde is er een aantal minder belangrijke toetreding gerelateerde geweest
verbeteringen in hoe het scoort joins zoeken in interne en sluit zich aan bij de
functionaliteit van de align knop in de Join Editor.
Ook van consequentie gap4 zijn de verschillende wijzigingen in io_lib (de
bibliotheek voor alle I / O naar diverse trace bestandsformaten). Met de toevoeging
van een nieuw hash_exp programma het staat nu voor experiment bestanden te zijn
samen samengevoegd en geïndexeerd. De lijst van experiment bestandsnamen
moet stil worden geleverd aan gap4, maar op voorwaarde dat de EXP_PATH milieu
variabele correct is ingesteld gap4 staat om individuele halen zal zijn
sequenties uit de aaneengeschakelde experiment bestand
archief. Verbeteringen aan de user interface beschikbaar moeten nog worden
gemaakt.
454 SFF archieven worden nu beter ondersteund. De defsult 454 indices
Nu werken, hoewel de hash_sff programma kan worden gebruikt om een verstrekken
alternatieve indexeringsstrategie (eventueel sneller in sommige gevallen).
Gap4 en Trev hebben ook andere sporen weergave stijl voor sporen die
hebben 1 sample scan (x4 kanalen) per base gesprek. In dit geval kan
Ook trekken 4 vertrouwen waarden in plaats van 1 per base. Deze vaardigheden
zal een betere integratie van Solexa sporen wanneer gemakkelijker
beschikbaar.
Plus natuurlijk de gebruikelijke mix van bug fixes en kleine tweaks. Zie de
volledige change log voor meer informatie (via de SourceForge site).
Andere opmerkelijke veranderingen
Gap4
Reacties niet gevonden