STEPS is een pakket voor de exacte stochastische simulatie van de reactie-diffusie systemen in willekeurige complexe 3D geometrieën. De kern simulatie-algoritme is een implementatie van Gillespie SSA uitgebreid te behandelen diffusie van moleculen over de elementen van een 3D tetraëdrische mesh.
Terwijl het is vooral ontwikkeld voor gedetailleerde modellen van neuronale signaalwegen simuleren dendrieten en rond synapsen, is een algemeen instrument en kan worden gebruikt voor het bestuderen van alle biochemische route waarin de ruimtelijke gradiënten en morfologie worden verondersteld een rol te spelen.
We hebben stappen als een set van Python modules, wat betekent STAPPEN gebruikers kunnen Python-scripts gebruiken om alle aspecten van het opzetten van het model, het genereren van een maas, het beheersen van de simulatie en het genereren en analyseren uitgang controle uitgevoerd. De kern computationele routines worden steeds uitgevoerd als C / C ++ uitbreidingsmodules voor maximale snelheid van uitvoering.
. STAPPEN wordt verdeeld onder de GPL v3 licentie
Eisen
- Python
Reacties niet gevonden