Software screenshot:
Software informatie:
Versie: 1.5.13 Bijgewerkt
Upload datum: 26 Apr 16
Ontwikkelaar: The CDK Project
Licentie: Gratis
Populariteit: 196
The Chemistry Development Kit (ook bekend als CDK) is een platform-onafhankelijk, vrij verspreid en open source library software geïmplementeerd in Java en speciaal ontworpen voor structurele bio-informatica, cheminformatica en computationele chemie.
Het project bestaat uit verschillende bruikbare algoritmen en datastructuren speciaal op maat gemaakt voor programmeurs die willen een hoop tijd en moeite besparen door hergebruik van code. De Chemie Development Kit is niet ontworpen voor gebruik door eindgebruikers.
Kenmerken in een oogopslag
De belangrijkste kenmerken zijn ondersteuning voor het lezen en schrijven chemische dataformaten, ondersteuning voor het weergeven chemische structuren, steun voor QSAR (kwantitatieve structuur-& ndash; activiteitsrelatie). Descriptors, alsmede ingebouwde algoritmen voor het ondersteunen van de chemische grafentheorie
Voor uw gemak, de toepassing wordt gedistribueerd als pre-built binary's in de JAR-bestandsformaat. Om het te gebruiken in uw project, download de laatste stabiele versie van Softoware gebruik van bovenstaande link, waar u ook het programma & rsquo te vinden;. S bron tarball
De programmeurs zullen gedetailleerde informatie over hoe u het programma samen te stellen uit bronnen te vinden, hoe je diverse tests, evenals hoe deze te gebruiken in andere programma's in het bestand Readme.txt bevindt zich in het tar.gz archief uit te voeren.
Onder de motorkap en de ondersteunde besturingssystemen
Het nemen van een kijkje onder de motorkap van de CDK (Chemistry Development Kit) software, kunnen we vermelden dat het volledig is geschreven in de programmeertaal Java.
Op dit moment, het is volledig compatibel met 32-bit en 64-bit smaken van de GNU / Linux, Microsoft Windows en Mac OS X-besturingssystemen. Er moet echter werken op elke OS ondersteund door de Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; en de Java Development Kit (JDK) & nbsp; technologieën
Wat is nieuw in deze release:
- de formele lading van het IAtomcontainer wordt overgebracht naar IMolecularFormula
- Fixed bug 2787332 De oude band array in het Gasteiger belast berekening is ingesteld op
- Bijgewerkt op te lossen bug 2788357 SMARTSQueryTool vangt nu TokenMgrError in de construc
- toegevoegd nieuwe taglet te verwerken cdk.githash tag en koppeling javadocs bronnen in Git repo
- Bijgewerkt cdk.svnrev tags om cdk.githash codes
- Bug_2787332. Toegevoegd test voor de Triclosan molecuul (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Verwijderde verouderde renderer code: ofwel gebruik cdk-1.0.x of jchempaint-primaire
- Toegevoegd test voor bug 2786624 in de parser testsuite
- toegevoegd links naar PMD pagina's
- Toegevoegd link naar JUnit statistieken
- Toegevoegd lijst van de klassen in de module, met links naar Nightly @ Pele
- Toegevoegde opgezet voor het creëren van de module HTML-pagina's
- Toegevoegde opgezet voor het creëren van de module HTML-pagina's
Wat is nieuw in versie 1.5.10:
- De formele lading van het IAtomcontainer wordt overgebracht naar IMolecularFormula
- Fixed bug 2787332 De oude band array in het Gasteiger belast berekening is ingesteld op
- Bijgewerkt op te lossen bug 2788357 SMARTSQueryTool vangt nu TokenMgrError in de construc
- toegevoegd nieuwe taglet te verwerken cdk.githash tag en koppeling javadocs bronnen in Git repo
- Bijgewerkt cdk.svnrev tags om cdk.githash codes
- Bug_2787332. Toegevoegd test voor de Triclosan molecuul (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Verwijderde verouderde renderer code: ofwel gebruik cdk-1.0.x of jchempaint-primaire
- Toegevoegd test voor bug 2786624 in de parser testsuite
- toegevoegd links naar PMD pagina's
- Toegevoegd link naar JUnit statistieken
- Toegevoegd lijst van de klassen in de module, met links naar Nightly @ Pele
- Toegevoegde opgezet voor het creëren van de module HTML-pagina's
- Toegevoegde opgezet voor het creëren van de module HTML-pagina's
Wat is nieuw in versie 1.2.2:
- Vaste verbindingen. Optimaal zijn, aangezien het pad is nog steeds hardcoded aan een enkele Nightly instantie, maar we hebben niet het XML raamwerk nog om dingen samen te vatten over alle nightlies (hardlopen
- Bijgewerkte versie nummer
- Toegevoegd test om IAtomContainers zorgen, worden niet stiekem in via IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- Overschreven addAtomContainer (IAtomContainer, dubbel) ook een IllegalArgumentException gooien wanneer een niet-IMolecule wordt doorgegeven
- gooit nu een IllegalArgumentException wanneer het wordt geprobeerd om een IAtomContainer dat geen IMolecule bewaren
- Toegevoegd unit test voor # 2784182
- nieuwe test met reserpine
- Toegevoegd taglets voor threading veiligheid
- Met een atoom of minder, definiëren we het aan te sluiten, omdat er geen afscherming nodig (fixes # 2.784.209, NullPointerException op IAtomContainer zonder atomen)
- Toegevoegd unit test voor bug # 2784209 die op dit moment niet in slaagt
- Meer verwijdering van expliciete org.openscience.cdk namen van pakketten: werpt clausules
- Meer verwijdering van expliciete org.openscience.cdk namen van pakketten
- Meer verwijdering van expliciete org.openscience.cdk namen van pakketten: naar nieuwe org.openscience.cdk.Foo () oproepen
- Verwijderd expliciete org.openscience.cdk.interfaces pakketten namen (fixes # 2783549)
- Verwijderd expliciete namen van pakketten, in het voordeel van de invoer, voor org.openscience.cdk in de datadebug module (fixes # 2783549)
- Verwijderd expliciete namen van pakketten, in het voordeel van de invoer, voor org.openscience.cdk in de data module (fixes # 2783549)
- uitbreken van recursie optie op AllRingsFinder
- Extraction uit de string elementaire formule de lading.
- Extraction uit de string elementaire formule de lading.
- Controller van de massa wanneer het buiten het bereik
- Bijgewerkt intelligent H's toe te voegen aan een PLANAR3 N, lost bug 2.781.199
- Toegevoegd testcase voor bug 2781199
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok nu ook de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok bevat nu de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok bevat nu de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok bevat nu de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok bevat nu de wortel uitzondering stack trace te behouden
- roept CDKException aannemer binnen een catch-blok bevat nu de wortel uitzondering stack trace te behouden
- Voegde een unit test om ervoor te zorgen SD velden zijn gelezen voor alle moleculen
- splitsen-test
- nieuwe bestanden
- meer tests voor CML lezen
- Toegevoegde unit test voor # 1848591: onjuiste Murcko kader
- Vaste cast, verwijder overbodige volledige naam pakket
- Toegevoegd unit test voor # 2692107
- Fixed typo: missen 's'
Wat is nieuw in versie 1.2.1:
- Fixed bug 2.714.283, die op de juiste gooit een uitzondering wanneer ringen zijn niet goed gesloten. Als een ring niet is afgesloten met de juiste ringnummer, wordt InvalidSmilesException gegooid. Wedstrijden Daylight gedrag
- Fixed bug 2729120 en unit test toegevoegd
- Bijgewerkt mening te bug 2768643 op te lossen.
- Gedeeltelijke oplossing voor bug 2719237. Made getBondOrderSum statisch, voegde unit test voor haar
- Typo: proteinl - & gt; eiwit
- Made klasse publiek, Unbreak toe te voegen aan de nieuwbouw / *. Javafiles
- Gedeeltelijk vaste SMARTS bijpassende voor R0. Bijgewerkt doelmolecuul initialisatie om expliciet aan te geven atomen niet in een ring en ook bijgewerkt RingMembership atoom tot een expliciete check doen als R0 is opgegeven. Gedeeltelijk lost bug 2587204
- Fixed dubieuze gelijkheid te testen. Een prive-methode werd het controleren van Double objecten via referentie. Werkte prima wanneer ze waardeloos waren. Mislukt wanneer we nodig hebben om met elkaar vergelijken door waarde. Code wordt bijgewerkt om hiermee rekening te houden. Toegevoegd unit test (en maakte de methode beschermd, zodat het kan worden getest)
- Toegevoegd testmethode annotatie. Voltooit dekking voor data module
- gerefactored ChiIndexUtils om het verpakken privé. Ruimt publieke API, aangezien het slechts wordt gebruikt door chi descriptor code. Bijgewerkt alle afhankelijke klassen. Verhuisde test code (die moet worden ingevuld!) En
- Code sanering van ChiIndexUtils. Omgerekend naar 1,5 idiomen
- Clean up van PathTools en toegevoegde testmethode annotatie, zodat de kern volledig bedekt is
- Fixed de vorige committeren aan de cdk.keyword lijn te bewerken, niet de cdk.module regel
- Meer consistente gebruikte zoekwoorden
- Voegde een test om ervoor te zorgen dat Integer objecten worden vergeleken door waarde in plaats van verwijzing
- Toegevoegd een testcase om te controleren of atoom container diffs zijn juist bij het gebruik van gedeserialiseerde objecten
- Fixed IntegerDifference zodat het eigenlijk controleert de integer waarde in plaats van referenties van de Integer object. Het probleem is opgelost waarbij een object geserialiseerde aan schijf en dan gedeserialiseerd komt niet overeen met het oorspronkelijke object (dat wil zeggen, niet leeg diff string)
- Toegepaste patch # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch een removeReaction toe te voegen aan reactionSet
- Gebruik interface in plaats van de uitvoering
- Verwijderd een ongebruikte import
- Gebruik IAtomContainer plaats van IMolecule, als de werkelijke matching is het gebruik van IAtomContainers al (fixes # 2686249)
- Fixed a ClassCastException (fixes # 2685134)
- Toegevoegd bron attrib op te lossen de bouw van de Ubuntu .deb
- Fixed Help build systeem: gebruik Doclet potten in develjar /; bijgewerkt voor nieuwe map src src / main; verwijderd zeer verouderde gebruik van rt.jar
- Verwijderd libdepends onder andere voor de test-ioformats, die niet daadwerkelijk libdepends hebben
- Bijgewerkt zodat als een doel atoom heeft geen symbool (zoals pseudo-atomen) de wedstrijd geeft false (in plaats van een NPE)
- Vaste correcte afhandeling van #n SMARTS querys
- Toegevoegd testcase voor bug 2686473
- Toegevoegd nota over Ant 1.7.1 vereist
- Fixed a NPE bron: 'null == 2' veroorzaakt een uitzondering, dus eerste test voor nullness
- Vaste copyright mededeling, voor 2009
- Vaste dubbele opslag van de lay-out templates, die alleen thuis in de SDG module, geen extra module te
- Samenvoegen tak 'local1.2' van ../../ git-svn / cdk
Wat is nieuw in versie 1.2.0:
- Lost een paar SMARTS ontleden van problemen, het gebruik van twee -Brief symbolen en IPseudoAtom in de fingerprinter, en voegt 4 nieuwe soort atoom definities voor jodium en zwavel.
Wat is nieuw in versie 1.1.5:.
- Meestal bug fixes
Wat is nieuw in versie 1.1.4:.
- Meestal kleine bugfixes
Wat is nieuw in versie 1.1.1:
- Meestal kleine bug fixes en algemene code opruimen.
Wat is nieuw in versie 1.1.0:.
- Vele, vele veranderingen
Eisen
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
Reacties niet gevonden