Marvin

Het Marvin project biedt een verzameling van Java-tools voor het tekenen, het tonen en karakteriseren van chemische structuren, substructuren en reacties.
Marvin kan eenvoudig worden geïnstalleerd op uw bureaublad en naadloos geïntegreerd in webpagina's en applicaties van derden via de Application Programming Interface (API).
De familie Marvin bestaat uit de volgende instrumenten:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets of Beans?
Marvin is verkrijgbaar in twee pakketten afhankelijk van het gebruik:
* Marvin Applets voor de webontwikkelaar
* Marvin Bonen voor de desktop van de apotheek en voor de software-ontwikkelaar.
Marvin Applets zijn gereedschappen voor de bouw chemische webpagina's, die compatibel is met de meeste browsers (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, enz.) Ze bieden toegang van / naar JavaScript en zijn aanpasbaar door applet parameters zijn.
Marvin Beans zijn gemakkelijk te installeren applicaties voor de desktop en instrumenten voor de integratie van Marvin mogelijkheden in een Java-toepassing

Wat is nieuw in deze release:.

• MarvinSketch:
• Openbare zoekdatabase in chemicalize.org.
• Mogelijkheid om ligand volgorde wijzigen MarvinSketch.
• Fog-effect kan worden gecontroleerd op verschillende manieren:
• Er is een schuifregelaar op het tabblad Weergave van het dialoogvenster Voorkeuren in de Schets / View GUI om de sterkte van de mist-effect en een checkbox ingesteld op het uitschakelen van de automatische mist-effect.
• Applet en bonen parameters worden geïntroduceerd: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forum onderwerp).
• Bevestigen aan een groep bevestigingspunt niet opheffen automatisch de Sgroup meer.
• Het bepalen van de inhoud van S-groep:. Meervoudige en generieke S-groepen hebben om de hele subgraaf tussen de obligaties het oversteken van de beugels bevatten
• Update van het gehalte aan S-groep als beugel posities veranderen: of beugels of de structuur wordt verplaatst
.
• S-groep inbedding en overlapping worden gecontroleerd aan molecuul consistentie controles.
• SMARTS import ondersteunt alifatische koolwaterstoffen met een dubbele binding (forum onderwerp).
• SMILES import / export ondersteunt allenen.
• Genereer traditionele naam voor fragmenten in een grotere verbinding (bijvoorbeeld & quot; dextromethorfan hydrobromide & quot;).
• Ondersteuning voor CAS-nummer conversie.
• Verbeterde OCR foutcorrectie in DocumentExtractor (ontbrekende komma's, foutief herkende soort haakje, extra spaties, ...).
• Document Extractor op PDF-documenten nu geeft het paginanummer van hits.
• Verbeterde ondersteuning voor bekende namen in de structuur-op-naam en de naam-to-structuur. De algemene steun voor naam invoer steeg met ongeveer 5% voor algemene en 10% voor de systematische namen. Omzettingssnelheid is met ongeveer 20%.
• JChem en Marvin Beans installateurs voor Windows uitpakken ook shell-script voor cygwin.
• Behoud exocycyclic groepen in Bemis-Murcko kaders.
• Halogeen kan meer dan één verbinding tijdens opsomming te hebben.
• Aromatische obligaties worden beschouwd tijdens de berekening van het aantal dubbele bindingen voor homologie woning controleren.
• Lasso selectie modus kan worden ingesteld op de standaardwaarde in MSketchPane (forum onderwerp) zijn.
• Een nieuwe functie, isChiral is toegevoegd aan TopologyAnalyzer.
• Nieuwe chmical Algemene functies: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Bugfixes:
• Naam doos is niet bijgewerkt na de schepping groep, omdat het creëren van een groep niet te verhogen grafiek invariante telling verandering (forum onderwerp).
• MarvinSketch toepassing begreep niet & quot; - {naam} & quot; command line parameter.
• Wanneer de Structure & gt; Vind structureren online menu werd ingeroepen onder Linux, kan de standaard browser niet gedetecteerd worden om resultaat (forum onderwerp) weer te geven.
• Het laden van de isotopes.data bestand van de java cache afgekeurd, indien het niet-gecomprimeerde versie werd opgeslagen in de cache (dwz als de Decompressie automatisch werd gedaan door de webserver, en niet door Marvin). Forumonderwerp, documentatie.
• Grafische objecten werden niet weergegeven in de Geometrie Plugin resultaat venster.
• Op de pijl elektron-flow, het blauwe vak voor het benadrukken werd gemist (forum onderwerp).
• Ligand bestelling werd niet weergegeven op het schavot als de definities werden verwijderd, zelfs als de & quot; Altijd & quot; weergave-optie is ingesteld voor & quot; Ligand bestellingen & quot; in het dialoogvenster Voorkeuren.
• Index van de multicenter atoom werd corrupt na het exporteren naar MDL Mol-formaat als het is aangesloten op een R-groep.
• Arrow vast aan rechthoeken werd beschadigd tijdens Mrv import / export (forum onderwerp).
• Import van 1 letters peptide niet op één histidine (forum onderwerp).
• Impliciete waterstofatomen ontbraken door het importeren van SKC.
• Null vastgoedwaarde van MolAtom werd niet geëxporteerd / in Mrv formaat geïmporteerd.
• Door het importeren van bepaalde SMARTS, werd een verkeerd type obligatie bepaald in plaats van enkelvoudige of aromatische bond.
• Bepaalde beugels uit Cdx getekend in ChemDraw bestanden geïmporteerd werden weergegeven in de verkeerde richting.
• SMARTS export:. 1-atoom enkele binding buurman van een aromatische ring werd geëxporteerd als enkele binding in plaats van enkel / aromatische
• Het exporteren van queries met koppelingsknooppunt en R-groepen in SMARTS formaat onjuist waren.
• De H-atoom handling was dubbelzinnig SMARTS uitdrukkingen.
• Mol bestand commentaarveld importeren mislukt.
• Het importeren van bepaalde SMILES verkeerd was (forum onderwerp).
• Als de sjabloon bevat kettingdeel die kan worden gelokaliseerd in het doel als onderdeel van een ring (of ringsysteem) we dat deel van de template moet negeren.
• De Fijn met Hydrogenize mogelijkheid Clean3D niet S-groepen automatisch opheffen (forum onderwerp).
• Molecule.contractSgroups () verknald het molecuul coördinaten (forum onderwerp).
• Expliciete waterstofatomen waren niet goed in aanmerking Cis / Trans stereochemie berekening genomen.
• Tautomer generator gooide ArrayIndexOutOfBoundsException in sommige gevallen.
• Homology opsomming geproduceerd inconsistente moleculen voor sommige VMN ingang.
• Onjuiste lading te tellen na het aanbrengen van CovalentCounterion fixer.
• De log output formaat van StructureChecker command line verschilde van output formaat van de wizard.
• ChiralFlagErrorChecker niet correct omgaan met chiraliteit. In plaats van het berekenen van chiraliteit van pariteit data, het gebruikt een implementatie op basis van de isChiral methode TopologyAnalyser.

Wat is nieuw in versie 5.4.0.1:

• Highlighting van elektronenstroom pijlen werd verkeerd wanneer de basis of eindpunt was een band (forum onderwerp).
• Geserialiseerde menu configuratie werkte niet.
• De index van de multicenter atoom werd verkeerd gemaakt tijdens MDL MOLFile uitvoer in geval van structuren waarin de R-groep is verbonden met de multicenter atoom (positie variatie obligaties).
• Impliciete waterstofatomen ontbraken uit de atomen na de invoer of pasta van structuren in ISIS / Symyx Schets bestandsformaat (SKC-bestandsindeling).
• CDX-bestanden waaronder gedraaide grafische objecten die uit oude versies van ChemDraw kon niet worden geïmporteerd.
• Tautomer berekening
• Generic tautomeer niet uniek genoeg in sommige gevallen. Als gevolg van de moeilijke situatie, wordt de generieke tautomeer verstrekt aromatische vorm.
• Canoncical tautomer berekening is verbeterd als gevolg van de moeilijke situatie van dearomatisering.
• Bepaalde structuren met expliciete waterstofatomen verbonden met wig bond gaf een uitzondering tijdens generieke tautomerisatie.
• Volume berekening ontbrak cxcalc.
• Structuur Checker gooide NullPointerException plaats van onjuiste configuratie bestand negeren.

Wat is nieuw in versie 5.1.03.2:

• IUPAC Naam import: het omzetten van IUPAC-namen aan structuren.
• OLE 2 ondersteuning:. Verbeterde ondersteuning van plakken MarvinSketch objecten in MS Office-documenten
• Chemische Voorwaarden:. Beschikbaar van Marvin in de command line, API en kan gebruikt worden in Java scripts (in applets)
• Versnelde initialisatie van MarvinSketch en MarvinView bij het opstarten, zowel als standalone-versie, en zoals geïmplementeerd component in andere toepassingen.

Eisen

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment