Open Babel

Open Babel is een open source, op samenwerking, gratis en multiplatform bibliotheek software die is ontworpen om te fungeren als een chemisch toolbox speciaal ontworpen om een ​​groot aantal talen van chemische gegevens te herkennen. Het is gewoon nagesynchroniseerde & ldquo; De Open Chemie Toolkit & rdquo;. Kenmerken in een glanceWith Open Babel, zullen de gebruikers in staat om te zoeken, te analyseren, om te zetten zijn, en gegevens uit de chemie, moleculaire modellering, biochemie, evenals andere aanverwante gebieden winkel. Het ondersteunt een breed scala van gemeenschappelijke chemische bestandsformaten, waaronder mol2, SDF / MOL, VOB, XYZ, glimlacht, en CML.
Daarnaast Open Babel biedt toolkit, chemische MIME ondersteuning een zeer complete programmeur, SMARTS matcher, flexibele atoom / bond typer, waterstof verwijdering en bovendien bitvector klasse, matrix en vector transformaties, evenals een moleculaire test suite.Under de motorkap en ondersteunde operationele systemsOpen Babel is volledig geschreven in de programmeertaal C ++. It & rsquo; s een echte cross-platform software die GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows en Mac OS X-besturingssystemen ondersteunt. Zowel 32-bit en 64-bit computers worden officieel ondersteund op het moment van het schrijven van this.Getting gestart met Open BabelFirst van alle, raden wij u aan Open Babel installeren via de pre-gebouwde binaire pakketten van de standaard software repositories van uw Linux-distributie. Als uw GNU / Linux systeem doesn & rsquo; t heeft de Open Babel software in zijn repo's, dan ben je & rsquo; ll hebben om de toepassing met behulp van de universele bronnen archief voorzien op Softoware compileren en installeren.
Download de tarball (tar.gz archief), pak het uit op een locatie van uw keuze, open een terminal emulator, navigeer naar de uitgepakte map en de & ldquo uit te voeren;. Cmake & rdquo; commando (zonder aanhalingstekens) om het project te configureren. Dan moet je loopt de & ldquo; maken & rdquo; commando, zonder aanhalingstekens, natuurlijk, om het te compileren. Zorg ervoor dat de CMake instrument in geïnstalleerd op uw besturingssysteem voorafgaand aan de bovenstaande instructies

Wat is nieuw in deze release:.

• Deze release is een belangrijke bug-fix release en moet een stabiel upgrade, sterk aanbevolen voor alle gebruikers van Open Babel zijn. Veel bugs en verbeteringen zijn toegevoegd in de afgelopen jaar sinds de 2.3.0 release.

Wat is nieuw in versie 2.2.2:

• Deze release is een belangrijke bug-fix release en is een stabiele upgrade, sterk aanbevolen voor alle gebruikers van Open Babel. Hoewel er niet veel nieuwe functies, vele crashes en andere bugs kunnen zijn opgelost sinds 2.2.1.
• bijgewerkt naar de nieuwe InChI 1.02 release gestandaardiseerde InChI en InChIKey output te produceren.
• Vaste vele stereochemie fouten bij het lezen / schrijven van glimlacht. Dit is onderdeel van een groter project dat zal worden afgewerkt in de 2.3 release.
• Vaste compilatie en installatie op Cygwin en MinGW platforms.
• Aanzienlijk verbeterd aromaticity en Kekule bond opdracht.
• Verbeterde 2D - & gt; 3D-coördinaat generatie
• Verbeterde coördineren generatie met behulp van de --gen3d command-line-bediening
• Verbeterde prestaties voor het coördineren generatie.
• Nieuwe --fillUC command-line-bediening voor babel.
• Fixes om pH-afhankelijke waterstof toevoeging.
• Ondersteuning toegevoegd voor het lezen van vibratie gegevens van Molden, Molpro en NWChem output bestanden.
• Bijgewerkt atoomstralen uit recente theoretische berekeningen.
• Fixed bug bij het lezen-gzip gecomprimeerd mol2 of XML-bestanden.
• Sluit bestanden na een fout. Oplossing voor een probleem met Pybel waar bestanden geopend zou blijven.
• Veel meer bugfixes en kleine verbeteringen van functies. == New File Formats == Import & Export:
• Molpro input en output.
• VASP coördineren bestanden (CONTCAR en POSCAR).

Wat is nieuw in versie 2.2.1:

• Verbeterde scripting interfaces, waaronder Python 3 ondersteuning en verbeterde Java en C # ondersteuning.
• Ondersteuning toegevoegd voor MACCS vingerafdrukken. Dankzij de RDKit project.
• Veel fixes en verbeteringen aan het krachtveld code. In het bijzonder moet de UFF krachtveld implementatie behandelen veel meer moleculen.
• Verbeterde 3D-coördinaat generatie, in het bijzonder met ring fragmenten. Je kan dit eens te proberen met de obgen hulpprogramma.
• Vast een verscheidenheid van VOB fouten import met atoomtypes.
• Ondersteuning toegevoegd voor het lezen van kosten en radii van PQR bestandsformaten.
• Ondersteuning toegevoegd voor het lezen en schrijven eenheid cellen in VOB-formaten.
• Nieuwe & quot; uitgang & quot; bestandsformaat voor het nemen van generieke & quot; .out & quot ;, & quot; .log & quot ;, en & quot; .dat & quot; bestanden en het lezen met de juiste bestandstype op basis van inhoud. Momenteel werkt zeer goed voor kwantumchemie pakketten.
• Toegevoegd verbeterde foutafhandeling en rapportage wanneer niet in staat om bestandsformaten te laden.
• Verbeterde CIF bestandsformaat ondersteunen.
• Vele, vele, vele extra bugfixes en kleine verbeteringen.