Best Bioinformatica Voor Linux
Genepidgin is een suite van Python tools die helpen bij de evaluatie en de opdracht gen productnamen & nbsp; Er zijn drie primaire componenten.:genepidgin * reiniger *& Nbsp; standaardiseert gen namen per Uniprot naamgeving richtlijnengenepidgin *...
STEPS is een pakket voor de exacte stochastische simulatie van de reactie-diffusie systemen in willekeurige complexe 3D geometrieën. De kern simulatie-algoritme is een implementatie van Gillespie SSA uitgebreid te behandelen diffusie van moleculen over de...
TRMiner is een Python-programma dat gericht is op wetenschappelijke gegevens curatoren & nbsp;. Het maakt het mogelijk om snel te snoeien grote collecties van wetenschappelijke publicaties tot zinnen die relevant zijn voor een bepaalde mijnbouw doel.Dit...
De Bioinformatics Benchmark System is een poging om een redelijke toetsingskader, testen en data op te bouwen, om eindgebruikers en leveranciers in staat stellen om de prestaties van hun systemen te onderzoeken.Wat wij proberen te doen is om een kader...
Staden Package is een volledig ontwikkelde reeks van DNA-sequentie assemblage (Gap4), bewerken en analyse-instrumenten (Spin) voor Unix, Linux, MacOSX en MS Windows.Op de Gap4 voorzijde is er een aantal minder belangrijke toetreding gerelateerde...
AREM is een gebaseerd op MACS (Model Based Analyse voor ChIP-Seq data).High-throughput sequencing gekoppeld met chromatine immuno- precipitatie (ChIP-Seq) wordt veel gebruikt bij het karakteriseren van genoombrede bindingspatronen van...
seriesoftubes is een uitgebreide pijpleiding Solexa ChIP-seq data.Pakket Documentatie
Eisen
...
MetagenomeDB is een Python library ontworpen om gemakkelijk op te slaan, op te halen en te annoteren metagenomic sequenties & nbsp;. MetagenomeDB fungeren als een abstractielaag bovenop een MongoDB database. Het biedt een API om twee soorten objecten,...
Seal is een Python module die sequentiealignering biedt op Hadoop.Seal is een van MapReduce applicatie voor biologische sequence alignment. Het draait op Hadoop (http://hadoop.apache.org) via Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), een Python MapReduce en...
MISO (mengsel van isovormen) is een probabilistisch raamwerk geschreven in Python dat het expressieniveau & nbsp kwantificeert; van alternatief gesplitste genen van RNA-Seq data, en identificeert differentieel gereguleerde isovormen of exons tegenover...
