POY

POY is een fylogenetische analyse programma dat meerdere soorten data (bijvoorbeeld morfologische, nucleotiden, genen en gebieden, chromosomen, en geheel genomen) ondersteunt. POY is bijzonder dat het waar afstemming en fylogenie gevolgtrekking kan uitvoeren dwz input sequenties hoeven niet te worden prealigned. Inserties, deleties en herschikkingen kan vervolgens worden opgenomen in de totale boom score bij maximale Parsimony, of in het model onder Maximum Likelihood. Verschillende heuristische algoritmen ontwikkeld voor dit doel en in POY worden uitgevoerd.