Malign

De meervoudige afstemming procedures in kwaadaardige geïmplementeerd zijn dicht parallellen met die gebruikt worden om te zoeken naar minimale lengte cladogrammen. De logica en programma-opdrachten zal duidelijk zijn vertrouwd met programma's zoals Hennig86, NONA en PAUP zijn. Alignment topologieën worden opgebouwd via verschillende sequenties en verbeterd door middel van filiaal swapping. Elke aanpassing topologie levert een meervoudige uitlijning en cladogrammen zijn gemaakt van deze aanpassing. De kosten van de spaarzaam cladogram wordt dan aangewezen als de meervoudige uitlijning kosten.