tigreBrowser

tigreBrowser is een genexpressie model browser voor de resultaten van tigre R pakket (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Installatie:
tigreBrowser vereist Python versie> = 2.5. tigreBrowser kan geïnstalleerd worden met het volgende commando:
python setup.py installeren
Voor meer informatie over het installeren van python modules (bijvoorbeeld het installeren zonder root-rechten voor alleen de huidige gebruiker), zie http://docs.python.org/install/
Vanaf server
De web server in tigreBrowser moet draaien om het uiteindelijke resultaat browser.
U krijgt een databasebestand gegenereerd door de tigre R pakket (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html) nodig. Dit pakket omvat een testdatabase file "database.sqlite 'die kan worden gebruikt om te testen tigreBrowser. De test database is gegenereerd met behulp van de instructies en bijvoorbeeld gegevens in tigre pakket.
Voer tigreServer.py de grafische gebruikersinterface van de server gestart. Om het resultaat browser te starten, moet men eerst een database bestand waarvan resultaten worden getoond selecteren. Dit kan worden bewerkstelligd door "Open databasebestand 'selecteren en een database bestand. Het databasebestand mag geen schrijfrechten. De server kan dan worden gestart door te klikken op 'Start-server'. Wanneer geklikt, verschijnt er een label onder de knoppen om de URL van het resultaat browser tonen.
Het resultaat browser is nu toegankelijk in die URL met een gewone webbrowser. Instructies voor het gebruik van de browser zijn in het volgende hoofdstuk van deze handleiding. De browser is beschikbaar tot de server is gestopt met de knop 'Stop-server'.
tigreServer.py kan ook gebruikt worden met een command-line interface. Start het script met de "--help 'optie voor meer details.
Met de browser
Dataset selectie
De dataset selectie bepaalt welke resultaten zichtbaar in de resultaten lijst en in welke volgorde zal zijn. Het experiment selectiegroep wordt gebruikt om de reeks experimenten selecteren. Alleen de resultaten van deze experimenten worden getoond in de aanbieding.
Volgende in de dataset selectie is de selectie van transcriptiefactor (TF) of doel ingesteld, afhankelijk van de vraag of het resultaat browser is ingesteld op ranking modus of regulator ranking modus (zie installatie) Target. In doel ranking modus, de TF selectie is beschikbaar en de resultaten lijst bevat de resultaten voor verschillende doelen met de gegeven TF. In regulator ranking-modus wordt de doel ingesteld geselecteerd en de lijst zullen de resultaten voor de verschillende toezichthouders tonen.
Aangezien het aantal resultaten hoog zijn, kunnen de resultaten worden onderverdeeld in meerdere pagina's. "Aantal genen per pagina" selectie kan worden gebruikt om het aantal getoonde resultaten stellen. Het kan nuttig zijn om het aantal resultaten als de pagina wordt geladen traag vanwege groot aantal beelden te verlagen.
Ten slotte kan de volgorde waarin de resultaten worden getoond worden gewijzigd met de "Sorteren op" selectie. De resultaten zullen descendingly worden gesorteerd op de gegeven criterium.
Filtering
De resultaten kunnen worden gefilterd door verschillende criteria. Men kan, bijvoorbeeld, geven alleen resultaten naar genen die z-score hoger dan een bepaalde drempelwaarde hebben.
Het is mogelijk om meerdere criteria te combineren bij het filteren. Link "[+]" kunnen worden gebruikt om een ​​ander criterium toe. Een criterium kan ook worden verwijderd met "[-]" link (niet gebleken wanneer er slechts één criterium). Wanneer meerdere criteria worden gebruikt, een gen resultaat moet voldoen aan alle criteria om te worden toonde in de aanbieding.
Filtering wordt geactiveerd met behulp van "filters toepassen" checkbox.
Markeren
Als genen in de database aanvullende data bevatten, kunnen de resultaten worden aangegeven door middel van die gegevens. De beschikbare markeringsopties worden getoond met de kleuren geassocieerd met deze opties.
Het benadrukken van werken door het tonen van gekleurde vakken onder de namen sonde in het resultaat lijst voor genen die aanvullende gegevens die overeenkomen met de selectie te hebben.
Zoeken
Het is mogelijk om de resultaten voor het gegeven genen te zoeken. De zoektocht werken door het intikken van komma's gescheiden lijst van gen of sonde namen aan het zoekvak. Gene aliassen kunnen ook worden gebruikt als zoekopdracht.
Toon resultaten
De resultaten voor de opgegeven selectie van dataset, filters, hoogtepunten en zoektocht zal worden getoond wanneer "Verzenden" knop wordt geklikt. De database wordt dan opgevraagd resultaten die overeenkomen met de gegeven selectie. "Reset" knop kan worden gebruikt om alle selecties en tekstvelden te wissen.
De resultaten lijst bevat meerdere kolommen. In de eerste kolom de naam probe getoond met een GENENAME gekoppeld aan de probe. Naast de naam gen, is de genexpressie getal indien gedefinieerd in de database. De volgende kolom bevat de feitelijke resultaten voor genen. Eventuele aanvullende gegevens wordt hier ook weergegeven. Experiment cijfers zullen naast het resultaat waarden worden weergegeven.
. Tenslotte experiment parameters, indien geplaatst in de database, wordt weergegeven als een tafel naast de cijfers

Eisen

• Python