picme

picme is een Python-pakket bevat programma's in te schatten en plot fylogenetische informativiteit voor grote datasets.
installatie
Voor het moment, de makkelijkste manier om het programma te installeren is:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/picme.git / pad / naar / picme
Om tests uit te voeren:
cd / pad / naar / picme /
python test / test_townsend_code.py
Gebruik
De estimate_p_i.py code roept een batchbestand voor hyphy dat in templates /. Dit bestand moet in dezelfde positie ten opzichte van waar u estimate_p_i.py zetten. Als je, zoals hierboven dunner te installeren, zult u fijn zijn, voor het moment.
Rennen:
cd / pad / naar / picme /
python picme_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - uitgang uitvoer_directory
& Nbsp; - tijdperken = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - keer = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing is optioneel, zonder dat, zal elke locus achtereenvolgens worden uitgevoerd.
Als u al het bovenstaande en opgeslagen resultaten om uw output map hebt uitgevoerd (zie hieronder), kunt u de pre-bestaande site-rate-records te gebruiken in plaats schatten die opnieuw met:
python picme_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - uitgang uitvoer_directory
& Nbsp; - tijdperken = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - keer = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - website-tarieven
Resultaten
picme schrijft resultaten naar een SQLite database in de output directory van uw keuze. Deze directory bevat ook ter plaatse tarief bestanden in JSON formaat voor elke locus gepasseerd picme_compute.py.
U kunt de resultaten in de database als volgt. Voor meer voorbeelden, waaronder plotten, zie de documentatie
- Crank up SQLite:
& Nbsp; sqlite3 uitvoer_directory / fylogenetische-informativeness.sqlite
- Krijgen integrale gegevens voor alle tijdperken:
& Nbsp; select locus, interval, pi van loci, interval waarbij loci.id = interval.id
- Krijgen integrale gegevens voor een specifiek tijdperk:
& Nbsp; select locus, interval, pi van loci, interval
& Nbsp; waarbij interval = '95 -105 'en loci.id = interval.id;
- Krijgen de telling van loci met max (PI) op verschillende tijdperken:
& Nbsp; maken tijdelijke tabel max als select id, max (pi) als maximum van interval groep door id;
& Nbsp; maken tijdelijke tabel t als select interval.id, interval, maximum van interval, max
& Nbsp; waarbij interval.pi = max.max;
& Nbsp; selecteren interval, count (*) uit t de groep door interval;
picme Onder verwijzing naar
Bij het gebruik van picme, graag met vermelding van:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: picme zorgt voor een hoge doorvoer analyse van fylogenetische informativiteit.
- Townsend JP: profileren fylogenetische informativiteit. Systematische Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: hypothese testen met behulp van fylogenieën. Bioinformatica 2005, 21:. 676-679

Eisen

• Python
• hyphy2
• NumPy
• scipy
• DendroPy