Ghemical is een computationele chemie software vrijgegeven onder de GNU GPL. Het betekent dat de volledige broncode van het pakket is beschikbaar, en de gebruikers zijn vrij om te studeren en het pakket te wijzigen. Ghemical is geschreven in C ++.
Ghemical project heeft een grafische user interface (die is gebaseerd op GNOME), en het ondersteunt zowel quantum-mechanica (semi-empirische en ab initio) modellen en moleculaire mechanica modellen (er is een experimentele Tripos 5.2-achtige krachtveld voor biologische molecu ook een hulpmiddel voor het gereduceerde modellen eiwit [1] is opgenomen. Geometry optimalisatie, moleculaire dynamica en een grote reeks van visualisatie tools zijn momenteel beschikbaar.
Ghemical vertrouwt op externe code om de kwantummechanische berekeningen geven. Semi-empirische methoden MNDO, MINDO / 3, AM1 en PM3 komen uit de mopac7 pakket (Public Domain), en zijn opgenomen in de bron distributie.
De MPQC pakket (GNU GPL) wordt gebruikt om ab bieden initio methoden: de methoden op basis van Hartree-Fock theorie worden momenteel ondersteund met basis sets, variërend van STO-3G 6-31G **.
De MPQC code is niet opgenomen in de bron distributie. Om de MPQC-gebaseerde ab initio methoden gebruiken in Ghemical, moet u eerst compileren en installeren van de MPQC programma voor uw systeem en vervolgens compileren Ghemical met behulp van enkele specifieke instellingen die de programma's met elkaar te verbinden; zie het INSTALL-bestand voor meer informatie. Ghemical bevat ook de OpenBabel pakket voor import en export van veel verschillende bestandsformaten (evenals andere taken).
Installatie
Zodra je de laatste versie hebt gedownload, moet u extract alle bestanden van uw archiefbestand met "tar -zxvvf Ghemical-1.00.tgz" of gelijkwaardig "gunzip Ghemical-1.00.tgz; tar -xvvf Ghemical-1.00.tar". Daarna leest u het "Install" -bestand je net uitgepakt om extra informatie te krijgen.
Wat is er nieuw in deze release:
Reacties niet gevonden