CWC Simulator

CWC Simulator is een C ++ implementatie van CWC, een calculus voor de representatie en simulatie van biologische systemen & nbsp;. Na een succesvolle installatie (zie INSTALLATIE) zul je in staat zijn om simulaties dan CWC modellen draaien, zoals in een aantal voorbeelden (zie voorbeelden /).
(Command-line) Interface
Als een generieke gebruiker, moet je uitvoeren:

-Ik model.cwc
-o
-t
-s
-n
-c
--qt-drempel
q
-w
Waar:
- is de naam van het uitvoerbare bestand (standaard: scwc);
& Nbsp; - model.cwc is de input CWC programma (zie voorbeelden);
& Nbsp; - statistieken is de output-bestanden prefix;
& Nbsp; - is de simulatie-tijdslimiet;
& Nbsp; - is de bemonstering (dwz 0,12 tot 250 punten komen met termijn = 30);
& Nbsp; - is het aantal gevallen van simulatie;
& Nbsp; - is het aantal clusters voor k-middelen
& Nbsp; - is de drempel voor QT clustering
& Nbsp; - is het aantal kwantielen;
& Nbsp; - heeft meestal om het aantal kernen van uw systeem te passen (dwz 4 voor quad-core CPU).
Output
De tool produceert:
- Enkele DAT-bestanden (de bemonsterde uitgang van de simulaties)
- Enkele gnuplot scripts statistische analysises trekken
We werken aan een uitgebreide handleiding

Eigenschappen .

• Gillespie SSA algoritme dan CWC modellen
• Hybrid stochastische / deterministische semantiek
• Meerdere exemplaren van simulatie met online statistieken
• Optimalisatie voor multicore architecturen op basis van FastFlow kader
• Extensible statistische kader (gemiddelde-variantie, gefilterd clustering, enz.)
• Multiple waardering semantiek (massa-actie, Michaelis-Menten, Hill enz.)