De spindel is een alternatieve benadering voor biologische identificatie op basis van de lengte van ribosomaal RNA (rRNA) gengebieden. In het algemeen, de aanpassing van het primaire rRNA gensequenties van verschillende species tonen afwisselende gebieden van nucleotide conservering en variatie, zowel qua nucleotide substituties (gewoonlijk "SNPs") en insertie / deletie (indel) events. De aanwezigheid van indels leidt tot sequenties van verschillende lengte en introduceert gaten in de uitlijning, gewoonlijk aangeduid door een streepje "-".
Ons concept biologische identificatie gebruikt rRNA-gensequenties als volgt: geconserveerde gebieden worden gebruikt om variabele segmenten ("spindel hypervariabele gebieden") waarin een combinatie van sequentielengten kenmerkend is voor elke soort (a 'spindel profile ") te definiëren. Aldus kan elke soort wordt bepaald door een unieke numerieke profiel.
In theorie, een onderzoek van slechts 6 hypervariabele regio's met 20 allelen elkaar (of 11 regio's met 5 allelen elk) is genoeg om alle eukaryote soorten op aarde, die worden geschat op tussen de 5 en 15 miljoen in getal discrimineren. In de praktijk Spindel is in staat om 93,3% van eukaryotische soorten discrimineren met lage intraspecifieke variatie en hoge fylogenetische resolutie.
Reacties niet gevonden