Gabedit

gabedit is een Graphical User Interface te Gauss, Molcas, Molpro en MPQC computationele chemie pakketten.
 
 Gabedit omvat grafische voorzieningen voor het genereren van zoekwoorden en opties, molecule specificaties en ther ingang secties voor zelfs de meest geavanceerde vormen berekening gabedit bevat een geavanceerde Molecule Builder.
 
 U kunt het gebruiken om snel te schetsen in moleculen en onderzoeken ze in drie dimensies. U kunt moleculen atoom, ring, groep, aminozuren en nucleoside bouwen. U kunt ook lezen de geometrie van een bestand. De meeste grote moleculaire bestandsformaten worden ondersteund.
 
 Gabedit omvat een Gauss, Molcas, Molpro en MPQC window Berekening Setup waarmee u het opzetten van Gauss, Molcas, Molpro en MPQC banen in een eenvoudige en duidelijke manier.
 
 Gabedit bevat een tekstverwerker voor het bewerken Molcas, Molpro, Gauss en MPQC input-bestanden.
 
 Gabedit kunnen grafisch tonen een verscheidenheid van Gauss, Molcas, Molpro, MPQC en (gedeeltelijk) ADF rekenresultaten, waaronder de volgende:
 
 ย ท Moleculaire orbitalen.
 ย ท Oppervlakken van de elektronendichtheid, elektrostatische potentieel, NMR afscherming dichtheid en andere eigenschappen.
 ย ท oppervlakken kunnen worden weergegeven in vaste, doorzichtige en gaas modes.
 ย ท Oppervlakken kunnen worden gekleurd door een afzonderlijke woning.
 ย ท Contours (kleurgecodeerde).
 ย ท Planes (kleurgecodeerde).
 ย ท Dipole
 ย ท XYZ assen en de hoofdassen van het molecuul.
 ย ท Animatie van de normale modi die overeenkomt met trillingsfrequenties.
 ย ท animatie van de rotatie van de geometrie, oppervlakte, dipool, xyz en de hoofdassen van het molecuul.
 ย ท Animatie van contouren.
 ย ท Animatie van kleurgecodeerde vliegtuigen.
 
 Gabedit kan weergeven IR en Raman spectra berekend. Gabedit kan een povray bestand voor geometrie (atomen + obligaties, met inbegrip van obligaties van waterstof), de oppervlakken (met inbegrip van kleurgecodeerde oppervlakken), contouren, kleurgecodeerde vliegtuigen genereren.
 
 Gabedit kunt foto op te slaan in PPM, BMP, (JPEG) en PS-formaat. Gabedit kan genereren automatisch een serie foto's voor animatie (trillingen, geometrie convergentie, rotatie, contouren, kleurgecodeerde vliegtuigen)

Wat is nieuw in deze release:

• zijn kleine bugs verholpen.
• NWChem wordt nu ondersteund.
• De native Windows spellen wordt nu ondersteund.

Wat is nieuw in versie 2.3.5:.

• Minor bugs werden vastgesteld
• Atomen kunnen tijdens een moleculaire dynamica simulatie worden vastgesteld.
• Migratie van Cairo naar OpenGL voor het tekenen van de geometrie venster.
• De migratie van gtkglarea tot GtkGLExt.
• Parallellizatie behulp OpenMP.

Wat is nieuw in versie 2.3.0:.

• Minor bugs werden vastgesteld
• De gebruiker kan de orbitalen, geometrie en normale modi lezen uit een fchk Gauss-bestand.
• Men kan de orbitalen van de nieuwe Mopac aux bestandsformaat (met inbegrip van de gecomprimeerd formaat) te lezen.
• Verschillende nieuwe opties in XYPlot en ContoursPlot ramen (tekst invoegen, lijn, pijl, beelden, nieuwe thema's ...).
• De obligatie lengtes kan worden tijdens een MD-simulatie vast.
• Gedeeltelijke optimalisatie is nu mogelijk met de MM potentieel.
• de uitvoering van een instrument om de massa's en abundanties van de isotopen voor een bepaald molecuul te voorspellen. Implementatie van een instrument om de elektrofiele, nucleofiele en radicale gevoeligheden berekenen voor een molecule.

Wat is nieuw in versie 2.2.0:

• Minor bugs werden vastgesteld
• Alle geometrische veranderingen ongedaan kunnen worden gemaakt en vernieuwd met behulp van de Undo en Redo (u / U of Ctrl z / Ctrl y)
• De gebruiker heeft volledige controle over de obligaties weergegeven in een tekening.
• De tekening van het molecuul atoom voor atoom zijn vereenvoudigd.
• De tekening van het molecuul fragment van fragment zijn vereenvoudigd.
• gabedit lezen connectiviteiten van gabedit, hin, pdb, mol2 en mol bestanden.
• De gebruiker kan de waarde van de afstand, obligatie-hoek en de tweevlakshoek in te stellen.
• Een moleculaire dynamica conformatie zoekopdracht wordt uitgevoerd met behulp van een MM potentiaal (Amber 99).
• Een moleculaire dynamica conformatie zoekopdracht wordt uitgevoerd met behulp van een semi-empirische methode (van Open Mopac of PCGamess).
• De migratie van GDK tekenfuncties naar Cairo. Cross-apparaat Rendering voor Vector Graphics
• Cairo wordt nu gebruikt voor de XYplot gabedit widget (gebruikt door gabedit voor loting spectra).
• Cairo wordt nu gebruikt voor de geometrie tekenen venster.
• Geometry kunnen worden geëxporteerd in eps, ps, pdf of svg-bestand.
• De curven van XYplot venster kan worden geëxporteerd in eps, ps, pdf of svg-bestand.
• Nieuwe tool voor het berekenen afstand tussen 2 punten op XYPlot venster. & Quot; Control + shift-knop & quot; kan worden gebruikt voor het doen van een zoom op XYPlot venster.
• De nieuwe versie van PCGamess (vuurvlieg) wordt nu ondersteund

Wat is nieuw in versie 2.1.13:

• Minor bugs waren fixe
• Een moleculaire dynamica conformatie zoekopdracht wordt uitgevoerd met behulp van een MM potentiaal (Amber 99).
• Een moleculaire dynamica conformatie zoekopdracht wordt uitgevoerd met behulp van een semi-empirische potentieel (met MOPAC of PCGamess).
• Men kan de geometrie optimaliseren interactief gebruik MOPAC of PCGamess semi-empirische methode van de Draw Geometry raam
• De migratie van GDK tekenfuncties naar Cairo: Cross-apparaat Rendering voor Vector Graphics. Cairo wordt nu gebruikt voor de XYplot gabedit widget (gebruikt door gabedit voor loting spectra). Cairo wordt nu gebruikt voor de geometrie tekenen venster.
• Geometry kunnen worden geëxporteerd in eps, ps, pdf of svg-bestand. De curven van XYplot venster kan worden geëxporteerd in eps, ps, pdf of svg-bestand.
• Nieuwe tool voor het berekenen afstand tussen 2 punten op XYPlot venster. & Quot; Control + linker knop & quot; kan worden gebruikt voor het doen van een zoom op XYPlot venster.
• De nieuwe versie van PC GAMESS / Firefly wordt nu ondersteund

Eisen

• GTK +