QuasiRecomb

QuasiRecomb is een lichtgewicht applicatie die draait op de command console, een Markov model voor het genereren van virale Quasispecies simuleren. Het beschrijft het genereren van de virale quasispecies en een werkwijze om parameters afgeleid door analyse next generation sequencing data. Het model is gevalideerd op gesimuleerde data, waaruit het voordeel van expliciete inachtneming van de recombinatie proces rekening wordt gehouden, en getest door op leest verkregen uit experimentele HIV-monsters. Het biedt een implementatie van de EM algoritme maximum a posteriori schatting van de modelparameters en een werkwijze voor de verdeling van virusstammen in de quasispecies schatten vinden

Eisen .

Java