goby

grondel is een Python API voor het lezen van binaire data bestanden die zijn gemaakt met behulp van de grondel next-gen data management framework.
Normaal gesproken, deze map wordt geleverd als onderdeel van de volledige Goby pakket, verkrijgbaar bij:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Het complete pakket bevat de Java-broncode. Als u dit pakket uit PyPI of een andere Python-specifieke bron gedownload, mag u alleen de Python deel van de code hebben ontvangen.
Ontwikkeling Waarschuwing
De Goby Python bibliotheken zijn niet zo volwassen als de implementatie van Java. Het kan meer buggy zijn en is niet bedoeld om de complete set van functies die zijn gevonden in de Java-versie te voorzien.
Installatie:
& Nbsp; 1. Zorg ervoor dat u Python 2.5 of nieuwer. Bij twijfel, uit te voeren:
python -V
& Nbsp; 2. Download en installeer de vereiste python pakketten:
& Nbsp; 1. Protocol Buffers
& Nbsp; Beschikbaar vanaf http://code.google.com/p/protobuf/ of PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python vervanger voor java.util.Properties
& Nbsp; Beschikbaar vanaf http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Installeer de Goby pakket:
python setup.py installeren
& Nbsp; Deze stap kan privileges vereisen.
Gebruik:
Voorbeeld scripts worden verstrekt om aan te tonen hoe de toegang tot de inhoud van Goby bestanden in Python.
& Nbsp; * Hier is hoe je een grondel uitlijning bestand te scannen:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(De bestanden basename.entries en basename.header moeten sluiten.)
& Nbsp; * Het volgende commando zal de inhoud van een uitlijning bestand als tekst af te drukken:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Het volgende commando zal een compacte omzetten leest bestand naar fasta formaat:
GobyCompactToFasta.py file.compact-leest
& Nbsp; * Het volgende commando zal de statistieken over de inhoud van een compacte afdrukken leest bestand:
GobyReadsStats.py file.compact-leest

Eisen

• Python