Mobiele Electrophysiology Simulation Environment (CESE) is een uitgebreid kader speciaal ontworpen om computational elektrofysiologische simulaties uit te voeren, bijvoorbeeld, simulaties van cardiale myocyte elektrische activiteit.
Cell Elektrofysiologie simulatie-omgeving is nuttig voor simulaties van actiepotentialen, afzonderlijke ionische stromen en veranderingen in ionische concentraties.
CESE is een cross-platform programma, het draait op elk systeem dat de Java Runtime Environment (JRE) versie 1.4 of hoger heeft. Het werd getest op Windows, Linux, Solaris, Mac OS X, en AIX.
CESE gebruikers
CESE is een geïntegreerde omgeving voor het uitvoeren van numerieke simulaties met verschillende elektrofysiologische modellen.
In dit stadium CESE laat creatie en uitvoering van de single-cell-modellen (met zowel Hodgkin-Huxley (HH) en Markoviaanse huidige formuleringen). Modellen van de elektrische activiteit van cardiale myocyten met broncode worden in de CESE distributie. We hopen het aantal beschikbare modellen uit te breiden, en voeg bepaalde neuronale modellen in de toekomst.
De grote kracht van CESE in zijn uniformiteit & # 65533; een programma-interface blijft hetzelfde voor verschillende modellen. U kunt gemakkelijk schakelen tussen de modellen en vergelijk simulatie uitgangen. Modelparameters kunnen worden gemodificeerd, geselecteerd voor uitvoer en / of geklemd in dezelfde standaardmanier.
CESE breidt de conventionele elektrofysiologische betekenis van de "voltage clamp". U kunt klem vrijwel elk model variabele, waaronder spanning (membraan potentiële), gehele of individuele ionische stromen, ionische concentraties, temperatuur, gating variabelen, enz. De klemming commando's kunnen worden complex stuk-wise functies individueel instellen voor het model van de variabele rente . Dit opent eindeloze mogelijkheden voor de exploratie van complexe model gedrag.
CESE biedt eenvoudige, maar efficiënte data visualisaties. Simulatieresultaten zijn weergegeven in de grafische en tabel vormen. Plots kan worden aangepast, en de regio van belang zijn ingezoomd.
Hoewel CESE niet is ontworpen om een data-analyse tool, kunt u de huidige spanning relaties (I-Vs) te genereren en te berekenen statistische parameters voor een bepaald signaal binnen het programma. U kunt uw gegevens exporteren naar ASCII, Axon tekstbestand (ATF), en NetCDF formats te blijven analyseren in uw favoriete pakket.
CESE ontwikkelaars
CESE werd gemaakt van de grond af op te nemen van de beste programmering practices beschikbaar voor Java-ontwikkelaars, zowel in termen van user interface consistentie en duidelijkheid van de code en hergebruik. Waar mogelijk, CESE rekenen op beschikbare Java API's (bijvoorbeeld Java2D, JavaBeans, JAXP) om de code te vereenvoudigen.
Model creatie vereist een aantal huis-keeping functies te coderen & # 65533; deze omvatten ODE integrators, routines voor de behandeling van model parameters, het opslaan / herstellen model staat, visualiseren simulatieresultaten, etc. CESE biedt u implementatie voor deze routines, vandaar, kunt u zich concentreren op het schrijven van de code voor beton ionische stroom (s), en CESE doet de rest.
CESE is niet proberen om ingewikkelde programmering frameworks op zijn eigen & # 65533 te creëren; Integendeel, het gebruik kern Java APIs. Zo merken Java die voldoet aan de JavaBeans specificatie. We maken gebruik van XML om klemmen commando's te geven, en Java-object serialisatie te slaan / te herstellen model parameters.
Wat is er nieuw in deze release:
Reacties niet gevonden