Arabidopsis Motif Scanner (AMS) is een Windows-applicatie die draait op lokale computers. Het werd ontwikkeld om genen op te bouwen door het identificeren van de posities van cis-regulerende elementen in de modelplant Arabidopsis thaliana en door een eenvoudige interface te beoordelen en gen relaties evalueren. Zijn belangrijke innovatieve functie is om de cis-element posities te combineren, NGS en DNA Chip Arrays expressie data, Arabidopsis annotaties en gen interacties voor de identificatie van gen-netwerken gereguleerd door transcriptiefactoren. In studies gericht op transcriptiefactoren functie, de software maakt gebruik van de uitdrukking gegevens en bindingsplaats motieven in de regulerende gen regio's om direct doelwit genen voorspellen. Bovendien AMS gebruik DNA-eiwit en proteinprotein interactiedata de identificatie van de metabole routes gereguleerd door de transcriptiefactor van belang te vergemakkelijken.
Reacties niet gevonden