E-Cell System

E-Cell System is een concept construeren virtuele cellen op computers.
E-Cell System is een object-georiënteerde software suite voor het modelleren, simuleren en analyseren van grootschalige complexe systemen zoals biologische cellen, architected door Kouichi Takahashi en geschreven door een geweldig team van ontwikkelaars. Kern van het systeem, E-Cell Simulation Environment versie 3, kunnen veel onderdelen gedreven door meerdere algoritmen met verschillende tijdschalen naast elkaar.
E-Cell Project is een internationaal onderzoeksproject gericht op het ontwikkelen nodige theoretische ondersteuning, technologieën en software platforms om precies hele cel simulatie mogelijk te maken.
E-Cell System bestaat uit de volgende drie grote delen:
- E-Cell Simulation Environment (of E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Environment (of E-Cell ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Eigenschappen

• Basic mogelijkheden:
• Object-georiënteerde modellering en simulatie van complexe systemen.
• Plug-in architectuur. Nieuwe gebruiker-object klassen kunnen worden ontwikkeld, dynamisch geladen, en worden gebruikt in de simulatie.
• Real-time interactie met de gebruiker en visualisatie tijdens de simulatie.


• Scripting:
• Python scripting van een simulatie-sessie (run / stop / parameter manipulatie / data verwerken etc ...).
• Python scripting van een simulatie-experiment dat veel runs van de simulatie sessies gaat (zoals parameter tuning, metabole controle analyse etc ..)
• Python scripting van model bestand generatie (bijvoorbeeld voor geautomatiseerde modelbouw van databases).


• Compatibiliteit:
• SBML niveau 1/2 importeren.
• SBML niveau 1/2 exporteren.


• Parallel berekening:
• Gedeelde-geheugen, multi-thread parallellisatie van een enkele simulatie sessie. (Om te worden samengevoegd tot de belangrijkste tak.)
• Cluster en grid gedistribueerde berekening van meerdere simulatie sessies. Zon Grid Engine, (Globus toolkit).

Wat is nieuw in deze release:.

• Deze versie voegt diverse bugfixes

Wat is nieuw in versie 3.1.107 RC2:

• Fixed a bug in ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Fixed a bug in ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Wat is nieuw in versie 3.1.107 RC1:

• Vast compilatie probleem op nieuwere GCC (& gt; = 4.3). (Moriyoshi)
• Geïntegreerde pyecs in pyecell. (Moriyoshi)
• Samengevoegd ecell.emc in ecell.ecs statische initializer weirdness in sommige platform (inclusief Mac OS X) te vermijden. (Moriyoshi)
• Twee GUI frontends (sessie-monitor en model-editor) werden vernieuwd te zijn twee pakketten van python modules, ecell.ui.osogo en ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Verplaatst GtkSessionMonitor te ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor dat zich in Ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Hernoemd ecell.SessionManager te ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Verwijderd de volgende constanten uit ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)