ZOOM Lite is een next-generation sequencing data mapping en visualisatiesoftware. Gebruikers ingang referentie genomen en Illumina / Solexa korte leest bestanden of AB SOLiD kleurruimte leest bestanden in verschillende formaten, zoals * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. ZOOM voert de mapping resultaten van deze korte leest op de referentie sequentie. ZOOM Lite heeft een snel en nauwkeurig in kaart brengen kernel gebaseerd op een nieuw ontwikkelde meervoudige verdeeld zaden theorie. Zowel single-end en gepaarde-end bed van diverse lengtes van 15 bp tot 240BP kunnen worden behandeld. Elk aantal mismatches en een insertie / deletie van verschillende lengtes tussen de lees- en het doelgebied op de referentiesequentie zijn toegestaan. Uniek in kaart gebracht resultaten of de beste (top N) resultaten voor elke gelezen zullen worden gerapporteerd volgens de minimale mismatches en Indel lengte. Kwaliteit scores worden gebruikt om de nauwkeurigheid te verbeteren mapping. Op basis van de mapping kernel, ZOOM Lite stelt gebruikers in staat om de lokale gelezen gegevens en referentie sequentie data te laden, selecteert u de juiste parameters, proces hoog volume gegevens parallel tussen maximaal vier CPU's, het toezicht op de lopende taken, opslaan van de resultaten in kaart brengen, bekijk de grafieken van in kaart brengen van de resultaten en de output in kaart brengen van de resultaten in ofwel .BED * of * .GFF bestandsformaten voor verdere onderzoeken met de browser trackinformatie UCSC. Mapping resultaten kunnen worden gezien in elke gewenste schaal, van de lees diepte grafiek over een heel chromosoom gedetailleerd sequentievergelijkingen tussen lezen en de referentiesequentie. Gebruikers eenvoudig navigeren naar de regio's van belang gewoon via klikken en slepen of te bladeren. ZOOM Lite is een afgeleide van het ZOOM Studio software
Wat is nieuw in deze release:.
Versie 1.5 bevat SAM export formaat, architectuur passen, betere code optimalisatie, kleiner programma binaire grootte, en verbeterde dabase engining voor betere prestaties.
Reacties niet gevonden