SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter is een grafische Python hulpmiddel om interactief segment afbeelding stapels van cellen in weefsel met edge-labels & nbsp (aka witte contouren.). De interacties zijn volledig gebaseerd op de bewerking van de zaden, die op hun beurt worden uitgebreid door een waterscheiding algoritme. Het grote verschil tussen SWS en andere tools is dat je meer dan één zaad per cel die u kan helpen de grenzen van moeilijke cellen aan te passen kan plaatsen.
SWS is gebouwd op de top van wxPython, matplotlib, numpy, scipy en mahotas.
In de kern, het maakt gebruik van een razendsnelle waterscheiding algoritme (met dank aan de mahotas project) en maakt real-time updates. Het heeft een eenvoudige (als rommelig) UI en is volledig interactief, zelfs met inbegrip van 1-level undo.
De publicatie over SWS dat al deze details en meer in Cytometry Deel A geeft:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Broncode is gespiegeld naar vier repositories en PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- BitBucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
De pagina die Google Code heeft ook een aantal binaire releases (http://code.google.com/p/seedwater/) dat zou moeten werken op 32-bits Windows of 64-bit Linux, maar deze zijn nu oud. Gebruik nu de "easy_install" methode.
Voor meer details, zie Python installeren instructies 20XX.txt U kunt ook de handleiding te lezen: SeedWater Segmenter V xx manual.txt
installeren en gebruiken
Installeren is eenvoudig EINDELIJK!
In feite, kunt u nu "easy_install SeedWaterSegmenter"
Korte handleiding:
Windows / Mac:
& Nbsp; Installeer Enthought Python Distribution http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get python-setuptools installeer python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-imaging python-xlrd python-xlwt
In een cmd-venster (moet als administrator uitvoeren onder Windows Vista / 7) of Terminal (Mac / Linux), uit te voeren:
& Nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Gedetailleerde instructies:
De nieuwste versie heet:
"Python installatie-instructies augustus 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Installeer instructies augustus 2012.txt

Eisen

< li> Python