Pathomx

Pathomx (voorheen MetaPath) is een open source grafische software in ipython, Qt en PyQt geïmplementeerd, ontworpen vanaf de grond opgebouwd om op te treden als een interactieve tool voor de visualisatie en analyse van metabole gegevens onder GNU / Linux en andere POSIX & nbsp; besturingssysteem systemen. Aanvankelijk werd ontworpen om te worden gebruikt voor de verwerking metabolomics data.Features een glanceKey kenmerken omvatten ondersteuning voor het importeren en exporteren NMR (Nuclear Magnetic Resonance) gegevens spectra verwerking, zoals normalisatie, binning en uitlijning, alsook metabole route visualisatie en mijnbouw. U zult ook in staat zijn om genomische en metabolomics gegevens te importeren via verschillende routes voor visualisatie op bepaalde trajecten.
Verschillende MetaCyc databank annotaties zijn ook opgenomen in de Pathomx toepassing, waaronder wij databank vereniging verbindingen, synoniemen, evenals bijbehorende paden en reacties vermeld. Houdt u er rekening mee dat de MetaCyc databank is afgeleid van de publieke API.
De applicatie maakt gebruik van de krachtige MetaCyc databank voor snelle verkenning van complexe datasets, dankzij uitbreidbaar en configureerbaar plugins. Daarnaast gebruikt het numpy en scipy bibliotheken voor nummer hanteren, matplotlib voor grafieken, nmrglue voor NMR-gegevens importeren, D3.js voor interactieve grafieken en scikit-leren voor statistische analyse methods.Under de motorkap en ondersteund OSesLooking onder de motorkap van Pathomx, kunnen we merken dat de aanvraag is gebouwd op ipython command shell. Het werkt ook goed onder Microsoft Windows en Mac OS X-besturingssystemen, waarvoor het is te downloaden als pre-gebouwde binaire pakketten. Voor GNU / Linux, is de software alleen verspreid als een gzipped bron archief compatibel met 32-bits en 64-bits hardware platforms.
Bij het gebruik van Pathomx, moeten gebruikers in het achterhoofd houden dat de applicatie maakt gebruik van gegevens uit de MetaCyc pad database zelf, dat deel uitmaakt van de familie BioCyc. De MetaCyc API wordt gebruikt om de meegeleverde database, die lokaal wordt opgeslagen genereren

Wat is nieuw in deze release:.

• Een volledig nieuwe drag-drop visuele editor toegevoegd.
• Het staat u te analyseren workflows te creëren door het slepen van gereedschappen in de werkruimte, verbindingen bewerken door datalijnen tussen gereedschappen te slepen, en het gebruik van uitzicht inline om een ​​overzicht van de huidige verwerking te krijgen.
• De gegevens kunnen worden gedropt in de werkruimte voor directe import.
• Het voegde ook live per-instrument vooruitgang meldingen, bars, en de status indicatoren.
• Fouten zijn gemarkeerd met helpteksten (tooltips op instrumenten als vermeld rood).

Eisen

• Graphviz