PANAMA

PANAMA is een roman probabilistische model om rekening te houden met verstorende factoren in eQTL studies, geschreven in Python.
Verborgen verstorende factoren, zoals de niet-geobserveerde covariaten of onbekende subtiele milieu verstoringen kunnen valse valse associaties te maken of te maskeren echte genetische associatie signalen. In tegenstelling tot eerdere methoden Panama leert verborgen factoren samen met het effect van prominente genetische regulatoren. Hierdoor kan het nieuwe model nauwkeuriger ware genetische associatie signalen onderscheiden van storende variatie.
N. Fusi, O. Stegle en ND Lawrence, "Gezamenlijke modellering van verstorende factoren en prominente genetische regulatoren biedt een verhoogde nauwkeurigheid bij genetische genomics studies", PLoS Computational Biology, 2012
Meer informatie bij http://ml.sheffield.ac.uk/qtl/panama.html

Requirements:

• Python