Jmol

Jmol is een open source, platformonafhankelijke en gratis grafische software die oorspronkelijk is ontworpen om te fungeren als moleculaire kijker voor 3D-chemische structuren. Het werkt in vier zelfstandige modi, zoals een HTML5-webapp, een Java-programma, een Java-applet en een "headless" server-side component.

Belangrijkste functies zijn krachtige 3D-renderingondersteuning zonder dat er hoogwaardige hardware nodig is, exporteert bestanden naar JPG-, PNG-, GIF-, PDF-, WRL-, OBJ- en POV-Ray-formaten, ondersteunt basiseenheidscellen, ondersteunt RasMol en Chime scripttalen, evenals de JavaScript-bibliotheek.

Bovendien ondersteunt de software animaties, oppervlakken, trillingen, orbitalen, metingen, symmetrie en eenheidscelbewerkingen en schematische vormen.

Momenteel ondersteunt de toepassing een breed scala aan bestandsindelingen, waaronder MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gauss, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO en MOPAC.

Daarnaast worden ook de CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR en JME ondersteund .

Ondersteunt alle belangrijke webbrowsers

De software is met succes getest in alle belangrijke webbrowsers, waaronder Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera en Safari. De bovengenoemde browser-apps zijn getest op alle reguliere besturingssystemen (zie het volgende gedeelte voor ondersteunde besturingssystemen).

Jmol is geschreven in de programmeertaal Java en is een platformonafhankelijke applicatie ontworpen om alle GNU / Linux-distributies, de Microsoft Windows- en Mac OS X-besturingssystemen en elk ander besturingssysteem waarop de Java Runtime Environment is geïnstalleerd te ondersteunen.

Wat is nieuw in deze release:

• bugfix: Jmol SMILES maakt zoeken naar invoegcodes niet mogelijk - voegt toe & quot; ^ & quot; voor invoegcode: [G # 129 ^ A. *]

Wat is nieuw in versie:

• bugfix: Jmol SMILES maakt zoeken naar invoegcodes niet mogelijk - - voegt & quot; ^ & quot; voor invoegcode: [G # 129 ^ A. *]

Wat is nieuw in versie 14.20.3:

• bugfix: Jmol SMILES die invoeging niet toestaat- code zoeken - voegt toe & quot; ^ & quot; voor invoegcode: [G # 129 ^ A. *]

Wat is nieuw in versie 14.6.5:

• bugfix: Jmol SMILES zorgt ervoor dat zoeken naar invoegcodes niet mogelijk is - voegt & quot; ^ & quot; voor invoegcode: [G # 129 ^ A. *]

Wat is nieuw in versie 14.6.1:

• bugfix: Jmol SMILES die invoeging niet toestaat- code zoeken - voegt toe & quot; ^ & quot; voor invoegcode: [G # 129 ^ A. *]

Wat is nieuw in versie 14.4.4 Build 2016.04.22:

• bugfix: annotatiesatomenets niet aangepast voor toegevoegde waterstoffen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.4.4 Build 2016.04.14:

• bugfix: annotatie-atomensets niet aangepast voor toegevoegde waterstoffen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.4.4 Build 2016.03.31:

• bugfix: annotatie-atomensets niet aangepast voor toegevoegde waterstoffen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.4.3 Build 2016.03.02:

• bugfix: annotatiesatomen sets niet aangepast voor toegevoegde waterstofatomen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.4.3 Build 2016.02.28:

• bugfix: annotatie-atomensets niet aangepast voor toegevoegde waterstoffen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.4.2 Build 2016.02.05:

• bugfix: annotatiesatomenets niet aangepast voor toegevoegde waterstoffen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.4.0 Build 2015.12.02:

• bugfix: annotatie-atomensets niet aangepast voor toegevoegde waterstoffen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.2.15:

• bugfix: annotatie-atoomreeksen niet aangepast voor toegevoegde waterstofatomen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.2.13:

• bugfix: annotatiesatomsets niet aangepast voor toegevoegd waterstofatomen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.2.12:

• bugfix: annotatiesatomsets niet aangepast voor toegevoegd waterstofatomen
• bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brak mmCIF-lezer
• bugfix: lezen van BinaryDocument (Spartan-bestand) onderbroken in 14.1.12_2014.03.18

Wat is nieuw in versie 14.1.8 Beta:

• nieuwe functie - set cartoonRibose:
• tekent ribose-ringen in, met facetten die rimpelen vertonen
• verbindt via C4'-C5'-O5'-P expliciet
• toont C3'-O3 'ter referentie.
• schakelt cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges) uit
• uitgeschakeld door SET cartoonBaseEdges AAN
• voorgesteld door Rick Spinney, staat Ohio
• nieuwe functie: animeframe [a, b, c, d] werkt met negatieve getallen om bereiken aan te geven:
• animeframe [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• lees als & quot; 1 tot en met 5 en vervolgens 10 tot en met 6 & quot;
• nieuwe functie: Tinker-bestandslezer (en FoldingXYZ-lezerupgrade):
• Kan Tinker :: gebruiken, maar dit is alleen nodig als de eerste regel JUST an atomCount
is
• geschikt voor oudere Tinker-indeling met n-1-atomen voor atomCount
• staat trajecten en gewenst modelnummer toe
• nieuwe functie: (eigenlijk 13.1 maar zonder gedocumenteerd) animatieframe [51 50 49 48 47 46 45 (etc) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc) ....]
• nieuwe functie: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
• nieuwe functie: x = vergelijken ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "alles")
• nieuwe functie: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; & quot; best & quot;)
• nieuwe functie: x = vergelijken ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• nieuwe functie: x = vergelijken ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• nieuwe functie - x = compare ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; bestH & quot;):
• genereert een of meer correlatielijsten op basis van niet-aromatische SMILES
• bevat optioneel H-atomen
• optioneel genereert alle mogelijke atoomtoewijzingen
• geeft int terug [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• waarbij a en bn gehele atoomindexen of lijsten zijn wanneer & quot; alles & quot; optie is gekozen.
• het volgende genereert één atoomcorrelatiekaart voor twee structuren inclusief waterstofatomen: laad bestanden & quot; a.mol & quot; & Quot; b.mol & quot; x = vergelijk ({1.1} {2.1} "MAP" & quot; H ")
• het volgende vergelijkt het model van cafeïne van NCI met dat van PubChem:
• laad $ cafeïne, laad toevoegen: cafeïne; lijst *
• selecteer 2.1; label% [atomIndex]
• vergelijk {1.1} {2.1} SMILES rotate translate
• x = vergelijk ({1.1}, {2.1}, "MAP" & quot; bestH & quot;)
• voor (a in x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; selecteer atomindex = a1; label @ a2}
• nieuwe functie: vergelijk {model1} {model2} SMILES:
• het is niet nodig om SMILES te geven; Jmol kan het genereren van {model1}
• nieuwe functie: x = {*}. find (& SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
• genereert SMILES met expliciete H-atomen
• bugfix: functie substructure () met SMILES in plaats van SMARTS, dus alleen volledige structuren;
• bugfix: betere foutopsporing en berichten in SMILES-gerelateerde methoden
• bugfix: maak webexport ontdekking van het pad naar Jmol.jar en jsmol.zip robuuster.
• bugfix: extract van getProperty extractModel houdt geen rekening met subset
• bugfix: stel pdbGetHeader in TRUE neemt niet op REMARK3 REMARK290 REMARK350
• bugfix: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) moet de waarde wrappen in {value: ...}
• bugfix: MO persistent translucency broken in 11.x
• bugfix: toon MENU schrijf MENU laad MENU alles gebroken in 12.2
• bugfix: {*} [n] moet leeg zijn als nTatoms

Wat is nieuw in versie 14.0.7:

• Bugfix: 14.0.6 dodelijk afgeluisterd - unitcell en echo rendering, getProperty

Wat is nieuw in versie 14.0.5:

• Bugfix: LCAOCartoon-translucentie verbroken
• Bugfix: doorschijnende backbone gebroken
• Bugfix: pqr, p2n lezers afgebroken
• Bugfix: de kaarteigenschap van het isosurface xxx kan mislukken als het oppervlak een fragment is dat (op één of andere manier) een punt heeft dat niet is geassocieerd met een onderliggend atoom.

Wat is nieuw in versie 14.1.5 Beta:

• bugfix: LCAOCartoon-translucentie verbroken
• bugfix: doorschijnende backbone gebroken
• bugfix: pqr, p2n lezers kapot
• bug fix: isosurface mapeigenschap xxx kan falen als het oppervlak een fragment is dat (op de een of andere manier) een punt heeft dat niet geassocieerd is met een onderliggend atoom.

Wat is nieuw in versie 14.0.4:

• Bugfix: raketten kapot
• Bugfix: PDB byChain, bySymop niet ondersteund.

Wat is nieuw in versie 14.0.2:

• bugfix: modulatie maakt geen onderscheid tussen q en t;
• bugfix: gemoduleerde metingen werken niet
• bugfix: set defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} niet overslaan
• bugfix: isosurface-kaart atomaire orbitaal mislukt
• bugfix: vibrationele weergave van modulatie met afstanden wordt niet bijgewerkt
• bugfix: vibratie uit veroorzaakt onnodige waarschuwing in console
• bugfix: teken symop verbroken
• bugfix: array.mul (matrix3f) crasht Jmol
• bugfix: selecteer symop = 1555 verbroken
• bugfix: set picking dragSelected werkt niet
• code: gerefactureerde CifReader, waarbij MMCifReader en MSCifReader code worden gescheiden: minder belangrijke hernoemen / refactoring van methoden in SV
• code: voegt de interface javajs.api.JSONEncodable toe
• supereenvoudige implementatie in org.jmol.script.SV
• staat implementaties van javajs toe om aangepaste JSON-resultaten te leveren

Wat is nieuw in versie 14.1.2 Beta:

• nieuwe functie: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, expressie):
• beter dan Jmol.evalueren omdat resultaat een JavaScript-variabele is, geen string.
• DEPRECTERENDE JSmol api Jmol.evaluate (applet, expressie)
• nieuwe functie: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• geeft JSON-code voor eigenschap
• staat JavaScript toe: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "some expression")
• nieuwe functie: getProperty variableInfo:
• maakt het ophalen van variabelen in Java- of JSON-indeling
mogelijk
• evalueert expressie
• staat standaard in op & quot; alles & quot;
• nieuwe functie: modulatie instelbaar met q en t, tot d = 3:
• modulatie aan / uit (alle atomen)
• moduie {atoomset} aan / uit
• modulatie int q-offset
• modulatie x.x t-offset
• modulatie {t1 t2 t3}
• modulatie {q1 q2 q3} TRUE
• nieuwe functie: pickedList:
• geordende array van onlangs geselecteerde atomen
• kan hetzelfde worden gebruikt als de PICKED-variabele, maar die is sequentieel en niet tijdelijk gerangschikt
• tweemaal klikken op de structuur wist de lijst
• @ {pickedList} [0] laatst gekozen atoom
• @ {pickedList} [- 1] voor het laatst geselecteerde atoom
• @ {pickedList} [- 1] [0] laatste twee geselecteerde atomen
• nieuwe functie: array.pop (), array.push () - vergelijkbaar met JavaScript
• nieuwe functie: modulatieschaal x.x
• nieuwe functie: bijschrift & quot; xxxxx & quot; x.x - aantal seconden om uit te voeren
• nieuwe functie: modulatie 0.2 // stelt t-waarde in
• nieuwe functie: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push (& quot; testing & quot;); print a.pop ()
• nieuwe functie: selecteer ON / OFF atom-set:
• zet selectiehalo's aan of uit, evenals de selectie
• gemak alleen
• nieuwe functie: pt1.mul3 (pt2):
• retourneert {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• als beide geen punten zijn, wordt het teruggezet naar eenvoudige vermenigvuldiging
• nieuwe reature: array.mul3 (pt2) - past mul3 toe op alle arrayelementen
• nieuwe functie: {atomset} .modulation (type, t):
• levert P3 (verplaatsingmodulatie)
• alleen geïmplementeerd voor type = & quot; D & quot; (Optioneel)
• optioneel is t standaard 0
• bugfix: modulatie maakt geen onderscheid tussen q en t;
• bugfix: gemoduleerde metingen werken niet
• bugfix: set defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} niet overslaan
• bugfix: isosurface map atomic orbitaal fail
• bugfix: vibrationele weergave van modulatie met afstanden wordt niet bijgewerkt
• bugfix: vibratie uit veroorzaakt onnodige waarschuwing in console
• bugfix: teken symop verbroken
• bugfix: array.mul (matrix3f) crasht Jmol
• bugfix: selecteer symop = 1555 defecte fout verholpen: set picking dragSelected werkt niet
• code: gerefactureerde CifReader, MMCifReader en MSCifReader uit elkaar
• code: minor hernoemen / refactoring van methoden in SV
• code: voegt javajs.api.JSONEncodable-interface toe:
• supereenvoudige implementatie in org.jmol.script.SV
• staat implementaties van javajs toe om aangepaste JSON-resultaten te leveren

Wat is nieuw in versie 14.0.1:

• nieuwe functie: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (standaard 55)
• nieuwe functie: load () functie, zoals in print load (& quot; xxx & quot;), beperkt lokaal lezen van bestanden in applet:
• geen root-mapbestanden
• geen bestanden zonder extensie
• geen bestanden met een & quot; /.& quot; in pad
• nieuwe functie: JAR-bestanden veilig ondertekend
• nieuwe functie: applet JAR-bestanden bevatten JNLP's (Java Network Launch Protocols) voor het lokaal laden van bestanden
• nieuwe functie: JSmol URL-opties _USE = _JAR = _J2S = opheffingen voor infodata
• nieuwe functie: (aanwezig maar niet gedocumenteerd) print quaternion ([array of quaternions]) - retourneert sferisch gemiddelde a la Buss en Fillmore
• nieuwe functie: print quaternion ([array of quaternions], true):
• geeft standaardafwijking voor sferisch gemiddelde a la Buss en Fillmore
• eenheden zijn hoekgraden
• nieuwe functie - met de naam quaternion modulus waarden:
• quaternion (1,0,0,0)% & quot; matrix & quot;
afdrukken
• opties omvatten w x y z normale eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axisz axisangle matrix
• Nieuwe functie - stel celShadingPower in:
• stelt sterkte van celschaduw in
• integerwaarden
• standaard 10 is een dikke lijn
• 5 is een fijne lijn
• 0 zet celschaduw uit
• negatieve waarde verwijdert binnenzonwering - alleen omtrek
• werkt op pixel op basis van normaal- naar lichtbron (power & gt; 0) of gebruiker (power & lt; 0)
• stelt de achtergrondkleur in op het achtergrondcontrast (zwart of wit) als normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• nieuwe functie: mmCIF leest rapporten _citation.title in Jmol scripting console
• nieuwe functie: ALLEEN SELECT {atomset} minimaliseren - ALLEEN optie sluit alle andere atomen uit
• nieuwe functie: minimaliseer {atomset} - impliciete SELECT en ALLEEN
• nieuwe functie - & quot; extensies & quot; mappen in JSmol voor bijgedragen JS- en SPT-scripts:
• jsmol / js / ext
• jsmol / SPT / ext
• nieuwe functie: laad ... filter & quot; ADDHYDROGENS & quot; - lokale set pdbAddHydrogens alleen voor één laadopdracht
• nieuwe functie: vergelijk {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• nieuwe functie: lijst = vergelijken ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
• nieuwe functie: schrijf JSON xxx.json
• nieuwe functie: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;: ...} lezer
• nieuwe functie - set particleRadius:
• globale straal voor atomen over de maximale straalwaarde (16.0)
• standaard ingesteld op 20.0
• nieuwe functie - CIF- en PDB-filters & quot; BYCHAIN ​​& quot; en & quot; BYSYMOP & quot; voor virusdeeltjes:
• maakt slechts één atoom per keten of per symop
• grootte kan worden geschaald groter dan de max van 16 Angstroms met behulp van bijvoorbeeld:
• zet particleRadius 30;
• ruimtevulling 30; // elk nummer boven 16 gebruikt hier particleRadius in plaats
• nieuwe functie: lijst = vergelijken ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• nieuwe functie: de functie symop () maakt symmetrie mogelijk van biomolecuulfilter voor PDB en mmCIF
• nieuwe functie - isosurface SYMMETRY:
• past symmetrie-operators toe op isosurface
• efficiëntere weergave en creatie
• standaardselectie is {symop = 1} alleen
• standaardkleuren is door symop te kleuren op basis van propertyColorScheme
• voorbeeld:
• laad het 1stp-filter & quot; biomolecule 1 & quot;
• kleureigenschap symop
• isosurface sa resolution 0.8 symmetry sasurface 0
• nieuwe functie - nieuwe eigenschap atom: chainNo:
• achtereenvolgens van 1 voor elk model;
• chainNo == 0 betekent & quot; geen keten & quot; of ketting = ''
• nieuwe functie - nieuwe propertyColorScheme & quot; friendly & quot;:
• kleurenblindheidsvriendelijk kleurenschema
• gebruikt bij RCSD
• nieuwe functie: JSpecView volledig Java-vrij; omvat 2D nmr en PDF printen van spectra
• nieuwe functie - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; kwaliteit & gt; 1 vraagt ​​naar landschapsmodus:
• maakt gebruik van efficiënte aangepaste klassen voor het maken van PDF's
• formaat afbeelding past als te groot
• nieuwe functie: JSpecView voegt PDF en 2D NMR toe voor JavaScript
• nieuwe functie: laden & quot; == xxx & quot; FILTER & quot; NOIDEAL & quot; - Chemische componentbelasting van PDB met behulp van de & quot; nonideal & quot; coördinaatset
• bugfix: schrijf CD verwijderd; ChemDoodle heeft de indelingen gewijzigd; gebruik in plaats daarvan JSON
• bugfix: PDB- en CIF-bestanden duidden assemblages aan zoals PAU als groot negatief getal
• bugfix: VERGELIJKEN zonder rotatie start oneindige lus
• bugfix: looping probleem met delay (-1)
• bugfix: muisjacht voor Chrome in JavaScript
• bugfix: JavaScript-popup-menuverbetering voor taalwijzigingen
• bugfix: JavaScript-kerncomponenten worden niet verwerkt; Jmol._debugCode niet herkend
• bug fix: unitcell offset verkeerd voor biomoleculen; oorsprong onjuist voor assen.
• bugfix: isosurface / mo FRONTONLY broken
• bugfix: taallocatie verbroken in JavaScript
• bugfix: ADF-lezer leest geen MO-uitvoer van DIRAC Build 201304052106
• bugfix: Safari rapporteert gele Jmol-info in plaats van te vragen om applet te accepteren
• - tag moet
zijn
• bugfix: CIF-lezer verwerkt _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id niet goed
• - verkeerd atoom ingesteld voor load = 3fsx.cif filter & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
• bugfix: [# 558 Compatibiliteitsprobleem met ChemDoodle] JSmol-fout bij definitie van Number.toString ()
• bugfix: muiswiel werkt niet goed
• bugfix: JavaScript J2S-compileerfout dwingt niet int + = zweven naar integer
• bugfix: JavaScript WEBGL-optie kapot
• bugfix: JavaScript NMRCalculation heeft geen toegang tot bronnen
• bugfix: JavaScript-stereo niet geïmplementeerd
• bugfix: fix MOL-lezer voor bestand met meerdere modellen (alleen 13.3.9_dev)
• bugfix: MOL-lezerfout bij laden APPEND - gaat niet verder met atoomnummers
• bugfix: CIF modulatielezer die geen lineaire combinaties van celgolfvectoren leest
• bugfix: CIF-lezen met filter & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; mislukt als alleen de identiteitsactie
• bugfix: mmCIF-lezer leest niet alle _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression-opties
• bugfix: PDB CRYST-invoer 1.0 1.0 1.0 90 90 90 betekent 'geen eenheidscel' ongeacht het biomolecuulfilter
• bugfix: isosurface-plaat past zich niet goed aan voor platte moleculen zoals HEM
• bugfix: print userfunc () kan mislukken (userfunc () zelf is prima)
• bugfix: binnen (helix) niet geïmplementeerd voor polymeren met alleen C-alfa
• bugfix: _modelTitle niet bijgewerkt wanneer een nieuw bestand wordt geladen of gemapped
• bugfix: {*}. symop.alles levert niet op de juiste manier symmetrieoperator af
• bugfix: voor drievoudige binding in SMILES in URL's
• bugfix: build.xml ontbrekende PDF-creatieklassen
• bugfix: volgende Java-update, juiste padcontrole voor lokale ondertekende applet toevoegen
• bugfix: {xxx} .property_xx niet opgeslagen in staat (gebroken 8/7/2013 rev 18518)
• bugfix: Manifest bijgewerkt voor ondertekende en niet-ondertekende applet JAR-bestanden
• bugfix: schrijven mislukt
• bugfix: applet-scriptWait () methode afgebroken
• bugfix: PyMol-sessie kan de eenheidscel weergeven na het lezen van de opgeslagen status
• bugfix: MMCIF-lezer mislukt voor meerdere assembly-typen
• bugfix: CIF-lezer & quot; biomolecule 1 & quot; vertalen naar & quot; molecular & quot; in plaats van & quot; assembly & quot;
• bugfix: laadtraject met meerdere bestanden die niet werken
• bugfix: pop-upmenu JS applet wordt niet correct afgesloten bij taalverandering
• bugfix: HTML checkbox id attribuut niet toegewezen
• code: refactoring van applet / appletjs code; org.jmol.util.GenericApplet
• code: refactoring, vereenvoudiging van gebufferde lezers en gebufferde invoerstromen.
• code: JavaScript refactoring, beter gebouwd _... xml
• code: JavaScript Integer, Long, Short, Byte, Float, Double alle opnieuw bewerkt
• code: ondubbelzinnig verklaren van GT ._
• code: Reformeerde alle onnodig innerlijke klassen naar het hoogste niveau
• code: geïsoleerde util / ModulationSet met api / JmolModulationSet
• code - Alle lokalisatie van de applettaal gelezen van gewone .po-bestanden:
• zoals JavaScript al
• het is niet nodig om klasbestanden te compileren voor applet-talen
• geen .jar-bestanden
• de nieuwe directory jsmol / idioma bevat .po-bestanden voor zowel Java als HTML5
• code: snellere weergave van iso-oppervlak die impliciet & quot; frontonly & quot; met ALLEEN selecteer {xxx}
• code: snellere weergave van isosurface met impliciet & quot; isosurfacepropertySmelling FALSE & quot; in relevante (integer) gevallen
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - consolideert alle verwijzingen naar URL.getContent () en Class.getResource ()
• code: JavaScript werk rond voor probleem innerlijke klasse met toewijzing van variabele naam
• code: werk rond voor eval (functionName) werkt niet in JavaScript.
• code: experimenteren met omgevingsocclusie
• code: vereiste manifesten toegevoegd voor Java Ju51 (januari, 2014).
• code: JmolOutputChannel verplaatst naar javajs.util.OutputChannel
• code: jsmol.php verholpen om & quot; toe te staan in saveFile-methode
• code: Parser opnieuw instellen in javajs.util
• code: DSSP verplaatst naar org.jmol.dssx, waardoor JSmol bio load met 20K wordt verminderd
• code: iText-pakket overboord gegooid, niet langer, omdat ik mijn eigen PDF-maker schreef

Vereisten :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment