InterMine

InterMine biedt toegang routines om datawarehouses aangedreven door InterMine technologie.
InterMine is een krachtige open source datawarehouse systeem. Met behulp van InterMine, kunt u databases van biologische gegevens toegankelijk door geavanceerde web querytools creëren. Parsers zijn bedoeld voor de integratie van gegevens uit verschillende gemeenschappelijke biologische formaten en er is een raamwerk voor het toevoegen van uw eigen gegevens. InterMine omvat een aantrekkelijke, gebruiksvriendelijke web-interface die werkt 'out of the box' en kan gemakkelijk worden aangepast aan uw specifieke behoeften.
Alle InterMine code is vrij beschikbaar onder de LGPL licentie

Wat is nieuw in deze release:.

• Het koppelen in te InterMine:
• Er zijn verschillende nieuwe manieren om te linken naar uw Mine. Zie Links voor meer informatie.
• webservice JSON formaten:
• Er zijn verschillende nieuwe webservice resultaten formaten. Deelnemen jsonobjects die verscheen in 0.95, hebben we nu JSON formaten voor vrijwel alles anders:
• Resultaten:
• jsonrows - tabelvorm voorstelling van gegevens met extra meta-data
• & quot; jsontable & quot; . - Container formaat voor het bouwen van geïntegreerde sjablonen (zie: inbedding zelfstudie)
• & quot; tellen & quot; en & quot; jsoncount & quot; - Formats voor slechts het ontvangen van de telling van een query
• Webservice meta-data (Model en sjablonen):
• & quot; json & quot; - Gemakkelijk parsable versies van het datamodel en de beschikbare lijst met sjablonen
• Authenticatie Nu Werken in Perl Webservice Client:
• Gebruikers van de Perl Web-client nu programmatische toegang tot hun lijsten en een eigen templates. Voer simpelweg uw login-gegevens aan de klant om toegang te krijgen tot uw account (uw gegevens worden overgedragen in gecodeerde indeling). Deze functie zal werken met alle mijnen met webservices, niet alleen die op 0,96 en hoger.
• Object Resultaten met Webservice Klanten:
• De Perl en Java-clients zijn in staat om de resultaten terug te krijgen als objecten (JSON objecten, of in de Perl, opgeblazen tot volledige resultaat objecten). Dit vereenvoudigt sommige complexe data verwerking problemen, en het omgaan met outer joins en collecties.
• Embedded tabellen:
• U kunt nu native insluiten data tabellen vanaf elke mijne met een ondersteunende webservice in uw webpagina met JavaScript en CSS. Zie de inbedding tutorial voor een demonstratie en een inleiding tot deze techniek. Zorg ervoor om te spelen met de nieuwe JavaScript-bibliotheek verkrijgbaar bij http://www.intermine.org/lib/imbedding.
• Registry:
• Wij hebben een centrale registratie service voor InterMine implementaties gelanceerd. Dit zal niet alleen dienen als een & quot; Geel-pagina & quot ;, waardoor bezoekers naar nieuwe data-bronnen te ontdekken, en het vergemakkelijken van de interoperabiliteit van de mijnen zelf, maar het ondersteunt ook de webservices door middel van een register van de webservice urls en uitvoeringen. Bezoek van het register is http://www.intermine.org/registry, en voor hulp bij het registreren van uw eigen mijn, bezoek RegisteringYourMine.
• Link Omleidingen:
• U kunt een woning aan schakels in de resultatenpagina's omleiden naar een URL hebben toe te voegen. Zie LinkRedirects voor meer informatie.
• Home page inhoud:
• De homepage voor InterMine kan nu worden geconfigureerd om verschillende informatie op basis van of de gebruiker nieuw is weergegeven. Zie HomepageConfig voor instructies over hoe u dit kunt configureren.
• Nieuwe tag:

Im:: admin
• We hebben een nieuwe tag toegevoegd. Als u een sjabloon met im taggen: admin, het zal niet te zien in uw webapp. Dit is handig voor het verbergen van sjablonen die nodig zijn door InterMine's webservices van uw gebruikers. Zie labelen voor een lijst van alle beschikbare labels.
• Lijst upload:
• heeft De lijst uploaden proces verbeterd.
• Andere wijzigingen:
• UPDATE - strengere meerdere hypothese testen correctie op verrijking widgets. & Quot; Aantal testen & quot; nu is het aantal termen in verband met de referentielijst.
• UPDATE - meer behulpzaam filter opties aan verrijking widgets
• NIEUW - Holm-Bonferroni optie toegevoegd aan verrijking widgets
• UPDATE - nieuwe & quot; verwijderen & quot; knop op de lijsten pagina
• UPDATE - interacties displayer geladen via AJAX zo melden pagina laadt sneller
• FIX - & quot; score & quot; beelden correct weergeven van de zoekresultaten
• UPDATE - QueryBuilder meer interactief, een item te selecteren in de lijst zal u terug naar de oorspronkelijke item te nemen na pagina refresh / reload
• UPDATE - koppeling toegevoegd aan kolom samenvatting in query resultaten, maken het gemakkelijker om verschillende waarden te bekijken
• FIX - login bug met betrekking tot gemengd geval gebruikersnamen
• FIX - widget bug bij het bekijken van na het exporteren widget gegevens
• NIEUW - template queries zijn gerangschikt op populariteit, tenzij je ingelogd bent, in dat geval worden ze gesorteerd op datum elke query het laatst is uitgevoerd
• FIX - gegevens worden niet herhaald in de & quot; diverse & quot; sectie op het rapport van pagina's
• FIX - templates correct weergegeven op het rapport pagina, zelfs voor subklassen
• FIX - templates correct rendering op aspect pagina's
• UPDATE - bijgewerkt Biogrid converter om veranderingen in de nieuwste databestanden verwerken
• FIX - verschillende & quot; goud & quot; thema CSS en afbeeldingen verbeterd en vernieuwd
• FIX - thread veiligheid kwestie behandeld in template bijhouden
• UPDATE - tafel widgets kunt groeperen door een attribuut, evenals een klasse

Eisen

• Python