Genoom-brede mRNA profilering biedt een momentopname van de globale staat van de cellen onder verschillende omstandigheden. Echter, mRNA levels geen directe kennis van de upstream-regulerende mechanismen. Expression2Kinases (X2K) is een nieuwe benadering stroomopwaartse regulatoren waarschijnlijk verantwoordelijk voor de waargenomen veranderingen in genoom-brede genexpressie te identificeren. Door de integratie ChIP-seq / chip en positiegevoelige gewicht matrices (PWM) data, eiwit-eiwit interacties en kinase-substraat fosforyleringsreacties X2K kunnen worden gebruikt om stroomopwaarts regulerende mechanismen identificatie van genoom-brede verschillen in genexpressie. Het idee is om eerst de meest waarschijnlijke transcriptiefactoren die de verschillen in genexpressie reguleren afleiden vervolgens eiwit-eiwit interacties met de geïdentificeerde transcriptiefactoren middels additionele eiwitten te sluiten voor het bouwen transcriptionele regulerende deelnetwerken gecentreerd op deze factoren en uiteindelijk gebruik maken kinase-substraat eiwitfosforylering reacties, te identificeren en te rangschikken kandidaat proteïne-kinasen die hoogstwaarschijnlijk reguleren de vorming van het geïdentificeerde transcriptionele complexen. X2K bevat ook gereedschappen om gen-lijst verrijking-analyses uit te voeren en geneesmiddelen die kunnen keren of verergeren veranderingen in genexpressie te voorspellen. . De X2K aanpak kan ons begrip van cell signaling te bevorderen en te ontrafelen drugs werkingsmechanismen
Eisen
Java Runtime Environment 6.0
Reacties niet gevonden