DendroPy

Het biedt klassen en functies voor het werken met fylogenetische gegevens, zoals bomen en karakter matrices.
Het ondersteunt ook het lezen en schrijven van de gegevens in een reeks standaard fylogenetische dataformaten, zoals NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, etc ..
Bovendien worden scripts voor het uitvoeren van een aantal nuttige fylogenetische berekeningen verspreid als onderdeel van de bibliotheek, zoals SumTrees, dat de steun voor scheuren of clades gegeven door een achterste deel van fylogenetische bomen vat.
Er zijn uitgebreid documentatie en handleiding bestanden in het downloadpakket

Wat is nieuw in deze release:.

• Nieuwe infrastructuur voor metadata annotaties. AnnotationSet en annotatie
• Volledige ondersteuning van NeXML 0,9 metadata parsing en schrijven.
• get_from_url () en read_from_url () methodes nu toe voor het lezen van fylogenetische gegevens van URL's.
• Toegevoegd GBIF interoperabiliteit module (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Wat is nieuw in versie 3.12.2:

• Nieuwe infrastructuur voor metadata annotaties: AnnotationSet en annotatie.
• Volledige ondersteuning van NeXML 0,9 metadata parsing en schrijven.
• get_from_url () en read_from_url () methodes nu toe voor het lezen van fylogenetische gegevens van URL's.
• Toegevoegd GBIF interoperabiliteit module (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Wat is nieuw in versie 3.11.0:

• Nieuwe toepassing script voor aaneenschakeling van tak labels uit de hele multiple input bomen. sumlabels.py
• Nieuwe interoperabiliteit klasse dendropy.interop.seqgen.SeqGen. wrapper voor Seq-Gen geïntegreerd in de bibliotheek
• Nieuwe interoperabiliteit functie dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. wrapper voor SPIER afstemming
• Nieuwe interoperabiliteit klasse dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner. wrapper voor RAxML
• methode prune_taxa () toegevoegd aan CharacterMatrix.
• Math modules verplaatst naar hun eigen subpackage. dendropy.mathlib
• Nieuwe module voor matrix en vector berekeningen:. dendropy.mathlib.linearalg
• Nieuwe module voor de berekening van statistische afstand:. dendropy.mathlib.distance
• De familie van Mahalanobis berekening afstand functies in dendropy.mathlib.distance. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Wat is nieuw in versie 3.9.0:

• Nieuwe functies:
• Phylogenetic onafhankelijke contrasten (PIC) analyse kan nu worden uitgevoerd met behulp van de klasse dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Vereenvoudigde bevatte Coalescent (gen boom in soorten boom) simulatie.
• Wijzigingen:
• (), write_to_path (), write_to_file, enz methoden zijn getweaked Keyword argumenten as_string om meer consistente voor NEXUS en Newick formats worden. Vorige zoekwoorden worden nog steeds ondersteund, maar zal worden afgeschaft. De nieuwe reeks van trefwoord argumenten ondersteund kan worden gezien in het: ref: NEXUS en Newick schrijven maatwerk & # X3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; sectie.
• NEXUS en Newick formats nu standaard doeltaxonspecifieke labels-ongevoelig geval is; specificeren case_insensitive_taxon_labels = False voor case-gevoeligheid.
• Bug Fixes:
• Reading doorschoten karakter matrices niet langer resultaten in de volgende blok wordt overgeslagen (NEXUS).
• Gevangen OverflowError bij de berekening samenvatting statistieken.

Wat is nieuw in versie 3.8.0:

• Tree objecten kunnen nu worden rerooted bij middelpunt (zie Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Annotations (dwz, attributen van de Boom, Node of Edge voorwerpen die quot hebben gehad en, annoteren () & quot; riep hen) kan nu worden geschreven als metadata reacties (& quot; [& field = value] & quot;) bij het schrijven van NEXUS / Newick formaat als het zoekwoord argument annotations_as_comments wordt gebruikt.
• Bij het lezen in NEXUS / Newick formaat bomen, met vermelding van extract_comment_metadata = True zal resulteren in metadata opmerkingen getrokken in woordenboek, met sleutels die veldnamen en waarden die het veld waarden.
• Bij het lezen van formaat data NEXUS, SETS blokken zal worden verwerkt, en karakter sets ontleed in de betreffende CharacterDataMatrix.
• Character sets (zoals, bijvoorbeeld, ontleed uit NEXUS SETS blokken: zie boven) kan worden geëxporteerd als nieuwe CharacterDataMatrix objecten, en worden opgeslagen / gemanipuleerd / etc. independentally.
• Bij het schrijven in NEXUS of Newick formaten, kan de write_item_comments trefwoord argument (waar of onwaar) controleren of uitgebreid opmerkingen in verband met knooppunten op bomen niet zal worden geschreven of niet.
• TopologyCounter klasse toegevoegd aan dendropy.treesum:. zorgt voor het bijhouden van de topologie frequenties
• treesplits.tree_from_splits () kunt construeren van (topologie-only) bomen uit een set van splits.
• De meeste functionaliteit die wordt gebruikt om 'dendropy.treemanip' te zijn is nu gemigreerd als native methoden van de dendropy.Tree klasse. 'Dendropy.treemanip' zal worden afgeschaft.
• Bomen kunnen nu gesnoeid worden gebaseerd op een lijst van taxa labels te verwijderen of te houden (voorheen, zou de methoden accepteren alleen lijsten van Taxon objecten).

Wat is nieuw in versie 3.7.1:

• Nieuwe functies:
• De uitvoering van de 'General Sampling Approach' (Hartman et al 2010:... Sampling Bomen van Evolutionaire modellen; Syst Biol 49, 465-476). methode van de bomen vanaf de geboorte-dood-model simuleren
• Wijzigingen:
• Correct / consistente namen voor enkele kans functies.
• Bug Fixes:
• Bug in de bevestiging van het overschrijven van de output-bestand bij gebruik SumTrees '-e' / '- split-randen'. optie
• Oude en grijze semi-gefossiliseerde verwijzing naar 'taxa_block' gecorrigeerd 'taxon_set'.

Wat is nieuw in versie 3.7.0:.

• gemigreerd naar BSD-stijl licentie

Wat is nieuw in versie 3.6.1:

• SumTrees werkt nu (in serie-modus) onder ouderen python uitvoeringen (& # X3c; 2,6).
• Correcties voor compatibiliteit met Python 2.4.x.

Wat is nieuw in versie 3.5.0:

• methode Toegevoegd ladderize (), om knopen bestellen oplopend (standaard) of aflopende (ladderize (rechts = True)) orde.
• Toegevoegd & quot; beest-samenvatting-boom & quot; schema specificatie BEAST geannoteerde consensus bomen te verwerken.
• Toegevoegd nieuwe module voor de interactie met NCBI databases. dendropy.interop.ncbi

Wat is nieuw in versie 3.4:..

• Gebundelde ez_setup.py update naar de nieuwste versie

Eisen

• Python 2,4-3,0