Command line tool voor het vergelijken van komma's gescheiden data bestanden met behulp van relatieve verschillen naar de meest vergelijkbare conformaties te bepalen. Compsort vergelijkt de gegevens bestanden met behulp van relatieve verschil, berekent een gelijkenis score, sorteert de scores in oplopende volgorde (lagere waarden vertegenwoordigen grotere gelijkenis), bespaart X aantal lage scores.
De gegevensbestanden die door de gebruiker moeten worden door komma's gescheiden tekstbestanden. Elk bestand vertegenwoordigt een uniek molecuul. Elke rij in een bestand geeft een unieke conformatie van het molecuul. De eerste kolom in het bestand moet uniek label aan de conformatie weergegeven door de rij. De rest van de kolommen numerieke aanduidingen, zoals afstand ruimtemetingen.
De rijen worden combinatorieel tussen bestanden vergeleken. De labels in vergelijking worden samengevoegd en opgeslagen met de scores voor de set rijen. Dit verschaft een manier om de conformaties die een bepaalde overeenkomst score produceerden.
Toekomstig werk omvat:
- het toevoegen van GUI-interface
- het plaatsen van papier op mijn 3D pharmacophore modelleringsalgoritme
- Een parallelle versie met MPI
Wat is nieuw in deze release:
- vast een paar kleine compilerwaarschuwingen
- de toegevoegde rapportage van de rekentijd voor set van combinatorische berekeningen in aanvulling op de eerder gemelde soort tijd
- verhoogd compileroptimalisatieruimte niveau van de binaire
Eisen
Mac OS X 10.3
Reacties niet gevonden