CLC Main Workbench

Dit 4-week volledig functionele demo van CLC gecombineerde Workbench aggregaten alle DNA-sequentie-analyses van CLC Gene Workbench en al eiwitsequentie analyses van CLC Protein Workbench. Alle analyses zijn volledig geïntegreerd in één enkele, gebruiksvriendelijke en intuïtieve software applicatie

Wat is nieuw in deze release:.

Verbetering

• Bijgewerkt het restrictie-enzym lijst van rebase. & nbsp;

• Lost het probleem met het runnen van BLAST MacOS Sierra
• Bijgewerkt PFAM banden. & nbsp; door de Pfam gerapporteerde Domain Zoekmachine
• een probleem opgelost geïntroduceerd in & nbsp;.. CLC Main Workbench 7.7.2, waar enzymen alfabetische volgorde na RdeGBI ontbraken methylatie informatie
• Diverse kleine bugfixes

Wat is nieuw in versie 7.7.2:

Workflows

• Workflow uitgangen kunnen nu worden geconfigureerd dat submappen de uitgangen bevatten, worden gemaakt.
• Nieuwe placeholders zijn verkrijgbaar bij het definiëren van de namen van de workflow uitgangen: {user}, {gastheer}, en voor de elementen van de tijdstempel van de output object, {jaar}, {maand}, {dag}, {uren} {minuten}, {tweede}.
• Placeholders binnen workflow uitgang namen die voorheen alleen beschikbaar als cijfers nu kan worden bepaald met behulp van geschreven namen waren: {naam} is een synoniem voor {1} en {} ingang is een synoniem voor {2}
.
• 
  

  Bij gebruik van de {2} placeholder voor aangepaste naamgeving in workflow productie-elementen, alleen ontgrendeld ingangen zullen worden opgenomen in de gegenereerde naam.

  
  
• 
  

  In de gegenereerde pdf met alle geconfigureerde parameters van een workflow, inzendingen voor parameters verbonden met een gereedschap of een input element nu een lijst van de namen van de bepalende elementen. Voorheen de parameter lijsten voor dergelijke elementen waren leeg gelaten.

  
  
• 
  

  Wanneer een naam instrument is veranderd in een workflow, is de oorspronkelijke naam nu opgenomen naast de gewijzigde naam bij het exporteren workflow parameters.

• 
  

  De geschiedenis weergave van data-elementen gemaakt met behulp van een workflow bevat nu informatie over de workflow waarin ze zijn gemaakt.

  
  
• De volgorde van de gereedschappen in de workflow "Element toevoegen" menu komt nu overeen met de volgorde in de Workbench menu Instellingen.
• Verbeterde workflow validatie geven de gebruiker te helpen bij het identificeren van ingangen die worden genegeerd door de configuratie van de werkstroom elementen.

& nbsp;

& nbsp;

• De Quick Launch tool is nu te vinden onder het menu Toolbox in plaats van het menu Beeld en een knop genaamd Launch dat brengt deze tool is toegevoegd aan de werkbalk.

• De analyses kunnen nu worden gelanceerd op de gegevens in de tabel met resultaten van een Local Search door het selecteren van de elementen van belang, rechts te klikken met de muis en het navigeren door het snelmenu dat verschijnt vermelde elementen.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A & nbsp;. "Remove Association (s)" optie voor het verwijderen van metadata verenigingen uit geselecteerde data-elementen is toegevoegd zonde de metagegevenselementen uitzicht in een klik met de rechtermuisknop context menu

• In de metadata zoeken Associated gegevens te bekijken is het nu ook mogelijk om zoeken in Navigation Area wanneer er meerdere rijen worden geselecteerd.

  
  
• Bij het importeren metadata van een spreadsheet formules erin het resultaat van de evaluatie van de formule (zoals weergegeven in Excel) nu plaats ingevoerd dan de formule zelf.

& nbsp;

• Alle NCBI server communicatie wordt nu versleuteld. (NCBI zal verhuizen alle web services aan het HTTPS-protocol op 30 september 2016). & Nbsp;

  
  

• De lijst van enzymen vooraf geïnstalleerd in de werkbank. & Nbsp; is een update van Rebase

  
  

• De optie "is niet in de lijst" is geïntroduceerd als een nieuwe tabel filtering optie.

  
  

• Lees groep gegevens worden nu getoond op de Element Info weergave van sequentie-lijsten.

  
  

• GenBank import nu maakt ook bestandsnamen met de extensie 'GBFF'.

  
  

• De "Sort map" tool maakt nu gebruik van de numerieke sortering voor bestandsnamen voorafgegaan door een getal.

• Nieuwe placeholders zijn verkrijgbaar bij het definiëren van de namen van de exporteur uitgangen: & nbsp; {User} & nbsp; {gastheer}, en voor de elementen van de tijdstempel van de output object, {jaar}, & nbsp; {maand} & nbsp; {dag}, & nbsp; {uur, & nbsp; {minuten}, & nbsp; . {tweede} & nbsp;
• Placeholders binnen export uitgang namen die voorheen alleen beschikbaar als cijfers nu kan worden bepaald met behulp van geschreven namen waren: {ingang} is een synoniem voor {1}, {extensie} is een synoniem voor {2} en {teller} is een synoniem voor {3}.

Wat is nieuw in versie 7.7.1:

• een probleem opgelost die zich voordeden bij de uitvoering van workflows met meerdere ingangen in batch, waarbij wijzigingen in vooraf bepaalde, vaste ingangen aangegeven tijdens de lancering proces werden niet toegepast.
• een probleem opgelost waarbij de functie Motif Search onrechte meldde de hele wedstrijd nauwkeurigheid als ofwel 0% of 100%.
• een probleem opgelost waarbij het sorteren van een map tijdens het opslaan daarin een fout zou kunnen leiden.
• Fixed a bug in de partij dialoogvenster modus die zou leiden tot een fout bij problemen met betrekking tot de onderliggende bestanden of gegevens locatie werden aangetroffen.

Wat is nieuw in versie 7.7:

Import Metadata - basic en gemakkelijk metadata import. Deze tool is een aanvulling op de beschikbare instrumenten in de Metadata Table Editor.

Wat is nieuw in versie 7.6.4:

• Fixed a bug bij het zoeken naar sequenties op NCB hulpmiddel zou mislukken om nucleotidesequenties met de foutmelding te downloaden "De volgende sequenties werden niet correct gedownload.
• Vast een probleem met de BLAST op NCBI stap van de Create Protein Report tool.
• Lost het probleem leidt tot een fout tijdens VCF export waar de betrokken oorspronkelijk waren geïmporteerd uit VCF bestanden gegevens en de waarden in het veld QUAL waren integers. & Nbsp;
• De export van floating-point (decimaal) nummers om VCF & nbsp; formaat voorheen afhankelijk van de opgegeven locatie. Dit is opgelost, zodat de & nbsp; decimaalscheidingsteken. & Nbsp; nu is altijd een punt
• Bij het doen van automatische koppeling van metadata, het logboek geeft nu die metadata rijen niet werden geassocieerd met alle gegevens.
• Fixed a bug die verhinderd metadata handleiding informatie worden benaderd vanuit de Workbench.
• Fixed a bug waarbij het doen van automatische koppeling met behulp van een metadata tabel opgeslagen op een CLC-server zou falen.
• Automatische vereniging van metadata behandelt nu samenwerkingsverband dat is gebaseerd op de prefix van de gegevens namen plaats en identificatie passend bij de volledige naam van gegevens.
• Een metadata tabel niet langer behoefte aan een sleutel kolom voor de rijen handmatig geassocieerd te worden met data-elementen.
• Een optie om metadata rollen eerder zichtbaar in de configuratie van de Workflow uitgangen overschrijven werd verwijderd.
• Vast een fout gebeurt wanneer een Workbench Gegevenslocatie wees naar een bestand op het systeem in plaats van een map. Het verschijnt nu als niet beschikbaar in de Workbench Navigatiegebied.
• Ingeschakeld tooltips voor alle parameters bij het configureren en uitvoeren van workflows.
• Het login proces van een Workbench naar een CLC server moet nu voltooid voor het openen van een CLC url zal beginnen.
• Een probleem oplossen op Macs waar de Workbench niet als een aangepaste protocol handler werd erkend voor CLC:. // Urls
• Vastbesloten een zeldzaam voorkomende uitzondering die kan worden veroorzaakt door over te schakelen editor uitzicht met een dubbele klik.

Wat is nieuw in versie 7.6.3:

Nieuwe functies en verbeteringen

• Batching op geselecteerde elementen is nu mogelijk: het vroeger worden beperkt tot geselecteerde mappen
.
• Je kunt nu kiezen "EST" als de database bij het gebruik van de zoektocht naar Sequences bij NCBI tool.
• De hiërarchische clustering van monsters tool kan nu worden uitgevoerd als onderdeel van workflows en op de server.
• Verbeterde memory management bij het verwerken van grote rapport elementen.
• Tooltips op bladeren van fylogenetische bomen nu weer te geven een beschrijving van de bijgevoegde reeks.
• Nummers worden niet langer toegevoegd aan de namen van de Workflow-elementen bij het maken van een kopie van een workflow met behulp van "Open Kopie van Workflow '.
• Metadata Management. Blijf op de hoogte van de input bestanden en meta-informatie te importeren voor uw monsters.

Bug fixes

• Vast een zeldzaam voorkomend probleem waarbij de Workbench een foutmelding zou geven bij het installeren van een 3rd party gelicentieerd plugin.
• een probleem opgelost waarbij het selecteren van een item in een Blast resultaten tabel de verkeerde aanpassing in de Blast editor kan markeren als de tafel had gefilterd of gesorteerd.
• een probleem opgelost waarbij het klikken op een aantekening in de Design Primers editor kan leiden tot een foutmelding geven.
• een probleem opgelost waarbij aantekeningen dat de uiteinden van een cirkelvormige sequentie overspannen ten onrechte in de circulaire Sequence View geplaatst zou worden.
• Fixed a bug die ervoor zorgde dat de werkbank te bevriezen als bepaalde sequenties in circulaire oog met radiale weergave van labels werden getoond.
• Fixed uitgevoerde rapporten met de verkeerde auteur in bepaalde situaties.
• is een probleem opgelost waarbij Maak Box Plot en Principal Component Analysis kan soms worden uitgevoerd met illegale argumenten, wat leidt tot een foutmelding.
• De uitgang van de achterzijde complementsequentie gereedschap krijgt nu het achtervoegsel -RC aan de naam van de ingang in plaats van -1 voor.
• Fixed a bug in de Voorspel secundaire structuur hulpmiddel wanneer de optie om de partitie functie te berekenen werd geselecteerd voor de lange moleculen (& gt; 1000 nucleotiden).
• een probleem opgelost waarbij men niet in kan zoomen na uitzoomen volledig op zeer grote workflows.
• een probleem opgelost dat een hoofdmap voorkomen op Windows drives wordt gebruikt als een locatie te zoeken.
• een probleem opgelost waarbij het bijwerken van een bestaande installatie op Windows zou resulteren in de file .vmoptions worden verwijderd, waarbij de Workbench run met de standaard Java-configuratie maakt.

Wat is nieuw in versie 7.6.2:

• toegevoegd rond het werk om een ​​Java probleem dat af en toe resulteerde in de Workbench het weergeven van een nietszeggende fout en vereist een herstart om te blijven werken.
• Lost het probleem met het runnen van BLAST op NCBI, waar een NCBI-gegenereerde fout over hun CPU limiet wordt overschreden werd niet transparant gerapporteerd en een gevolg van "no hits" werd in plaats daarvan gemeld.
• Een oplossing werd aangebracht op een uitzondering in omstandigheden te vermijden wanneer de sanering van gedownloade bestanden van BLAST is mislukt.
• De Reverse Vertalen gereedschap genegeerd genetische code vermeld in de codon frequentie tafels. Alle omgekeerde vertaling zou dus standaard de standaard genetische code.
• Bij het installeren van een workflow met gebundelde gegevens, is het niet meer mogelijk om een ​​alleen-lezen map te selecteren voor het opslaan van de gegevens.
• Vaste verkeerde weergave van de "Ondersteunde formaat" bij het exporteren van elementen van zowel de map-editor of de Local Search-editor.
• Fix potentiële verkeerde bestand wordt opgeslagen wanneer een bestand vinden via de Local Search-editor te bewerken.
• Plots binnen rapporten worden nu getoond met hun opgeslagen zijpaneel instellingen.
• Fixed opslaan van verschillende lijn kleuren op de percelen door het zijpaneel.
• Side panel optie om legendes te tonen voor een perceel met meer dan 10 monsters is nu ingeschakeld.
• een probleem opgelost dat heeft geleid tot een fout bij het renderen van kavels voor lege data sets.
• een probleem opgelost waarbij de optie "Prullenbak legen" was soms ten onrechte niet beschikbaar.

Wat is nieuw in versie 7.6.1:

• De GTF exporteur is nu beschikbaar voor de Main Workbench.
• Transcriptomics experiment en sample tabellen kunnen nu gesorteerd worden, zelfs met een groot aantal rijen.
• Verbeterde Excel, HTML en door tabs gescheiden export van varianten (Kies alleen de annotaties / kolommen die u nodig hebt).

• Vast een fout die de "Cut Sequence voor / na Selection" tool in de Klonen editor.
• Fixed bug waarbij een links-klik snel gevolgd door een klik met de rechtermuisknop werd geïnterpreteerd als dubbelklikken op OS X (in het voortbestaan ​​lijst met zoekresultaten, in de gereedschapskist boom, en in de workflow editor).

Wat is nieuw in versie 7.6:

• Tracks:
  • Consistente uitvoer wanneer het verrijken variant tracks en annotatie tracks met extra kolommen van de tabel. Output tracks van deze tools hebben nu evenveel toegevoegd tabel kolommen en de kolommen zal altijd in dezelfde volgorde. Voorheen, als een extra kolom had lege waarden voor variant rijen zou zijn verwijderd uit de uiteindelijke lijst, waardoor wisselend aantal en de relatieve volgorde van extra kolommen wanneer meerdere monsters werden behandeld met dezelfde middelen / workflow. Alle kolommen worden nu behouden, het vergemakkelijken van verdere verwerking van de uitgevoerde tafels, en het verstrekken van directe visuele referentie aan welke verrijking / annotatiehulpmiddelen zijn toegepast, ook als ze geen resultaten heeft opgeleverd voor een bepaald monster.
  • Tafels voor variant tracks en annotatie tracks kunnen nu sorteren en filteren kolommen met cellen die meerdere nummers.
  • Verbeterde het spoor kijker voor variant tracks om de volgorde wijziging op de geleverde variant tonen.
  • Graph tracks laten nu negatieve waarden gevuld omhoog om y = 0 (zoals verwacht).
  • Verhoogde decimalen voor nummers bij het exporteren van tafel naar CSV, tabs gescheiden tekst en Excel.
  • Betere rapportage van fouten in verband met onvoldoende schijfruimte.
  
  

Wat is nieuw in versie 7.5.1:

• Het is nu mogelijk om een ​​workflow werking zonder optionele ingang.
• De AAC gereedschap niet varianten annoteren in 3 'UTR met hun DNA-niveau verandering met behulp van de vrachtwagens c.xxx formaat. Dit heeft invloed op elke analyse gedaan met GX 7.5 of eerder op basis van Ensembl CDS tracks van oudere versons. De AAC-analyse moet worden overgedaan met behulp van GX 7.5.1 voor de juiste annotatie.
• Pfam filtering bug opgelost. Voorheen Pfam alleen gerapporteerd het eerste domein van elk type in een query en bijgevolg veel domeinen ontbreken. We raden gebruikers van wie het onderzoek is afhankelijk van Pfam annotaties opnieuw uitvoeren van de functie van hun data.
• Fixed a bug in de 'Maximum Likelihood Phylogeny' hulpmiddel dat is mislukt bij het genereren van bootstrap waarden voor bepaalde invoer groeperingen.
• Probleem opgelost met het scrollen naar de betreffende bestanden wanneer het selecteren van objecten als parameters in hulpmiddel wizards.
• De Blast tekst resultaten zijn verbeterd, zodat ze de juiste vraag en het onderwerp posities tonen ongeacht streng.
• Oplossing voor een probleem dat BLAST operaties voorkomen bij de keuze om deze draaien op de CLC-server.
• Het is nu mogelijk om een ​​workflow werking zonder optionele ingang.