CaPSID

capside is een uitgebreide open source platform dat een high-performance computationele pijplijn voor pathogeen Sequence Identification & nbsp integreert en een karakterisering van het menselijk genoom en transcriptomes samen met een schaalbare resultaten database en een gebruiksvriendelijke web-based software applicatie voor het beheren, bevragen en visualiseren resultaten.
Aan de slag
U krijgt een MongoDB databank nodig, een Python 2.6+ installatie en Apache Tomcat 6+. Voor meer informatie, lees de wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What is nieuw in deze release:

• Fixes Foutmelding bij het uitvoeren van aftrekken en uitlijning is niet gevonden
• Meer werken aan de vaststelling van langlopende queries

Wat is nieuw in versie 1.4.2:

• Verwijdert MongoKit afhankelijkheid

Wat is nieuw in versie 1.4.1:

• Fixes cursor time-out voor lange lopende statistieken queries

Wat is nieuw in versie 1.4.0:

• Voegt statistieken terwijl ze worden nogal vervallen dan alle eind
• Slaat unieke id voor genen als uid

Wat is nieuw in versie 1.2.7:

• Fixes README

Wat is nieuw in versie 1.2.6:

• Aftrekken filtert unmapped bij het bouwen in kaart gebracht leest

Wat is nieuw in versie 1.2:

• Utility om FastQ bestanden van unmapped leest
• Utility om kruising van FastQ bestanden terug
• Utility om filter FastQ bestanden terug
• Toegevoegd mapq drempel vlag om aftrekken
• Gbloader kunnen nu laden bacteriën en schimmels genomen
• Slaat genoom sequenties database met behulp van GridFS
• Minder geheugengebruik bij het berekenen van statistieken
• gebruik deelprocessen in plaats van os.system
• mapq scores filter moet 0
omvatten

Wat is nieuw in versie 1.1:

• voegt ondersteuning toe voor pair-end leest

Wat is nieuw in versie 1.0.1:

• Ondersteuning toegevoegd voor MongoDB authenticatie

Eisen

• Python