BioRuby biedt een geïntegreerde omgeving voor Bioinformatica (Biologie Informatiekunde).
Object-georiënteerde scripttaal Ruby heeft vele functies die geschikt zijn voor bioinformatica onderzoek, bijvoorbeeld duidelijke syntax om complexe objecten, reguliere expressies voor tekst handling zo krachtig als Perl & rsquo te uiten; s, een breed scala van bibliotheken, waaronder webservice etc.
Aangezien de Ruby syntax is eenvoudig en zeer schoon, geloven we dat het makkelijk te leren voor beginners, makkelijk te gebruiken voor biologen en ook krachtig genoeg voor de software-ontwikkelaars.
In BioRuby, kan de ontwikkelaar biologische inzendingen databank van platte bestanden, internet webservers en lokale relationele databases te halen.
Deze database-items kunnen worden ontleed om informatie die u nodig te halen. Biologische sequenties kunnen worden behandeld met de vervulling methoden van de Ruby & rsquo; s klasse String en met reguliere expressies.
De bibliotheek kan worden geïntegreerd met tools zoals Blast, Fasta, HMMER en vele andere softwarepakketten voor biologische analyse.
BioRuby ondersteunt de belangrijkste biologische database-formaten en biedt vele manieren voor toegang tot hen door flatfile indexering, SQL, webservices enz. Diverse web services waaronder KEGG API kan gemakkelijk worden gebruikt door BioRuby.
Eigenschappen :
- BioRuby shell
- API
- Documentatie
Eisen
- Ruby 1.8.7 of hoger
Reacties niet gevonden