Bibliosphere Analysis Kit

BiblioSphere biedt een unieke combinatie van literatuur-mining en pathway-analyse voor moleculair biologen geïnteresseerd in genregulatie en biologische netwerken.
 BiblioSphere Pathway Edition maakt gebruik van een uitgebreide database van individueel gemodelleerde relaties tussen genen, eiwitten, complexen, cellen en weefsels samen met up-to-date text mining technieken voor geautomatiseerde kennis extractie, zodat u om uw gegevens te koppelen aan biologische netwerken in verschillende biologische contexten.
 Gebruik BiblioSphere naar

• breiden biologische netwerken voorbij canonieke route-informatie (regelgeving & metabole)
• samenvoegen uw high throughput resultaten met biologische kennis en sequentie gebaseerde analyses
• context- voeren gevoelige regelgevende pathway-analyse
• genereren experiment-specifieke route varianten
• koppeling wegen naar ziektemechanismen & genen
• doen geavanceerde experimentele ontwerp

Wat is nieuw in deze release:

Nieuw en Enhanced Data Sources

• Genomatix Expert Curated gen-gen relaties:
   Genomatix heeft haar eigen kennisbasis van deskundigen samengesteld gegevens over genregulatie in BiblioSphere geïntegreerd. Deze unieke gegevensbron voegt de semantiek van gen-gen relaties met de dynamisch gegenereerde BiblioSphere gen netwerken, het verstrekken van informatie, zoals "Gene A activeert transcriptie van genen B" of "Gene Een fysiek interageert met gen-B".
  
• signaaltransductiepaden:
   Gedeelten van Gene Ontology voor signaaltransductie betrokken alsmede gegevens verzameld uit de literatuur werden gecombineerd om de identificatie van canonieke trajecten gekoppeld aan het gerichte netwerk mogelijk.
  
• metabole route Verenigingen:
   Metabole route verenigingen zijn geïntegreerd tot de identificatie van metabole evenementen om uw set van genen relevant mogelijk te maken.
  

• Wandelpad Uitzicht met deskundige gecureerd gen-gen relaties
   Gene groepen worden gecompileerd in begrijpelijke dynamisch netwerk grafieken combineren de hand gecureerd gen-gen relaties met gegevens afkomstig van geautomatiseerde kennis extractie. Netwerken kunnen worden aangepast door filters en zich in een gen gecentreerde manier kortste pad analyse.
  
• Cellular Localization View
   Gebaseerd op GO Annotaties genen worden toegewezen aan de subcellulaire locatie en gevisualiseerd als een schematisch cel lay-out, zodat u subcellulaire regio's te identificeren en om uw set genen relevante compartimenten.
  

• Project Management: uw analyses beheren door ze te organiseren in mappen project. Snel toegang tot eerdere resultaten met een paar muisklikken of voeg nieuwe zoekopdrachten naar bestaande projecten.
  

• Diverse kleine verbeteringen en bugfixes

Eisen

• Mac OS X 10.2 of hoger
• Java 1.4.1 (update 1 wordt aanbevolen)
• verbinding met het internet
• een Genomatix evaluatie rekening (gratis)