RAPTOR

Raptor is een innovatieve software is ontworpen voor een nauwkeurige voorspelling van eiwitstructuren. Het combineert geavanceerde analyse tools in een geïntegreerde software-oplossing en biedt drie verschillende threading methodes. Raptor unieke integer programmering optimalisatie aanpak het meest effectief is voor het vinden van structuur templates van doelen met lage sequentiehomologie en is in staat om hoge kwaliteit modellen genereren. De eenvoudig te gebruiken interface en makkelijk te begrijpen E waarden zijn ideaal voor beginners en experts. Boven alles, het intuïtieve weergave van de output stelt gebruikers in staat om de resultaten te begrijpen gewoon in een oogopslag. Gegeven een doelwit eiwitsequentie, of er een homoloog eiwit met bekende 3D-structuur, kan bepa- len door sequentie tools zoals PSI-BLAST, ook voorzien in RAPTOR. Structuur van het doel wordt dan opgebouwd uit de bekende structuur; Echter, wanneer de sequentiehomologie is niet significant, dwz minder dan 25%, kan PSI-BLAST niet komen met een zelfverzekerde hit. In tegenstelling tot de PSI-BLAST, die gewoon doet een reeks zoekopdracht, eiwit threading, vouw erkenning, maakt gebruik van zowel homologie en de structuur informatie. Het tast de eiwitsequentie met onbekende structuur met een database van bekende structuren. Door een scoringsfunctie en houden verenigbaarheidsanalyse drie-dimensionale structuren en lineaire eiwitsequenties, de beste structurele matrijs worden vastgesteld om de structuur van de sequentie bouwen. Hierdoor eiwit draadsnijden geeft een betere voorspelling dan homologie modeling wanneer er marginaal sequentiehomologie

Beperkingen .

Limited functionaliteit