GAMGI

GAMGI is een open source en volledig gratis softwareproject dat vanaf de basis is ontworpen om te worden gebruikt voor het maken en analyseren van atomaire structuren. Het beschikt over een grafische gebruikersinterface die eenvoudig, schoon, gemakkelijk te gebruiken en krachtig is.

De toepassing ondersteunt een breed scala aan atomaire structuren, zoals kristallen, moleculen, vloeistoffen en glazen. Het ondersteunt ook de 230 kristallografische ruimtegroepen en kan worden gebruikt om 3D Voronoi-analyse en puntsymmetrie uit te voeren.

GAMGI ondersteunt vele soorten objecten, waaronder tekst, orbitaal, binding, atoom, richting, vlak, groep, molecuul, cluster, cel, pijl, vorm, grafiek, samenstelling, licht, laag en venster. Bovendien biedt het programma maximale controle over objecten op een laag niveau als atomen.

We kunnen onder andere vermelden dat we in staat zijn om RCP-structuren (Random Close Packing), kristallen voor elke ruimtegroep van symmetrie, evenals coördinatiepolyeders en Voronoi voor willekeurige structuren te bouwen. Het kan ook elke puntgroep van symmetrie bepalen.

Wordt geleverd met uitgebreide documentatie

Een andere interessante functie is de mogelijkheid om acties uit te voeren in een lijst met objecten of een enkel object dat eerder is gemarkeerd. Het wordt geleverd met uitgebreide documentatie en atomaire gegevens, inclusief isotopische gegevens en ionische radius. Daarnaast kan de software een enorme hoeveelheid onafhankelijke vensters, lichten, waaronder spot, directionele en positionele, lagen met verschillende weergaven, referenties, viewports of projecties manipuleren, evenals 3D-tekstlettertypen die kunnen worden gestreept of geëxtrudeerd.

De GAMGI-applicatie kan ook op scholen en universiteiten worden gebruikt om atomaire structuur van materie te leren. Het is de perfecte tool voor de wetenschappers die werken in atomistische modellering, evenals voor diegenen die een open source-toepassing nodig hebben om atomaire structuren te bestuderen en afbeeldingen voor te bereiden voor hun presentaties.

Wat is nieuw in deze release:

• Bijgewerkte Help- & gt; Config-bestanden voor licht- en atoomobjecten.
• Gesynchroniseerde gamgi-g- en gamgi-x-bomen.
• Geactualiseerd gamgi_expat_import_object: het importeren van celobjectgegevens in XML-bestanden met de nieuwe configuratieregels zou goed moeten werken.
• Bijgewerkt gamgi_expat_export_object: het exporteren van celobjectgegevens naar XML-bestanden met de nieuwe configuratieregels werkt nu prima.
• In Cell- & gt; Create and Cell- & gt; worden de vectoren Modify, Origin en Axes nu automatisch bijgewerkt voor standaard (conventioneel of primitief) opties wanneer Modelwijzigingen worden doorgevoerd.
• Vervangen cel- & gt; borders = FALSE by cell- & gt; borders = GAMGI_PHYS_NONE, in engine, gtk, expat en mesa code.
• Geactualiseerd gamgi_expat_export_config: het exporteren van mobiele config-gegevens naar XML-bestanden werkt nu prima
• Geactualiseerd gamgi_expat_import_config: het importeren van mobiele config-gegevens uit XML-bestanden werkt nu prima
• Het dialoogvenster Cell- & gt; Config verbeterd om ook standaardwaarden voor model, randen, vlakken en knopen te verwerken.
• Opnieuw ontworpen object- & gt; Config-dialoogvensters: configuratiegegevens worden nu gescheiden in standaardgegevens (op de pagina's met dezelfde namen als in de dialoog Object-& gt; Maken) en globale gegevens (van toepassing op alle objecten, oud en nieuw), op de algemene (laatste) notitieboekpagina. Betreffende dialogen: Atom- & gt; Config, Cell- & gt; Config, Light- & gt; Config.
• Geïmplementeerd Cell- & gt; Config-dialoogvenster en infrastructuur. De grootte van celgrenslijnen, knooppunten en vectorassen kan nu globaal worden ingesteld voor alle cellen in GAMGI, een functie die dringend nodig is. Standaardwaarden voor het gebruik van celkleur en assen zijn ook ingesteld.
• Probleem opgelost in gamgi_gtk_bond_create: de kleur ingesteld in static_init heeft eerdere configuratiegegevens genegeerd.
• Probleem opgelost in gamgi_mesa_draw_pick en gamgi_mesa_draw_grab: Celweergavepuntbreedte was ingesteld op lijndikte in plaats van puntbreedte.

Wat is nieuw in versie:

• Een bug verholpen die zojuist is geïntroduceerd: we kunnen de GDK-visual niet ongedaan maken na het verwijderen van een GL-context. Ik heb deze code verwijderd. Blijkbaar doet GTK dit wanneer de widget wordt vernietigd.
• Verbeterde gamgi_gtk_area.c, gebruikt in de X-versie van GAMGI, die de GTKGLExt-bibliotheek vervangt door onze eigen op GLX gebaseerde code. Javier Cabezas porteerde deze code naar GTK 3 en werkt prima! Back-gepoolde wijzigingen zodat de verschillen tussen de code voor GTK 2 en GTK 3 absoluut minimaal zijn.
• We kunnen r, g, b kleuren niet gebruiken vanwege a, b, c celassen.
• Verbeterde assenlay-out in orbitaal - & gt; Maken en orbitale - & gt; Dialoogvensters wijzigen.
• Het label is gewijzigd van model naar bereik in orbitaal - & gt; Maken en orbitaal - & gt; Wijzig en veranderde Help-interface dienovereenkomstig.
• Alle documentatiepagina's voor Help-formats gecontroleerd.
• Bijgewerkte Help-documentatie voor clusterindelingen.
• cluster- & gt; paints-arrays hebben niet langer een zero-terminated.
• Gesynchroniseerde takken van gamgi en gamgi_exp.
• In XML-bestanden, in groepselementen, attribuuttype vervangen door verwijzing.
• Bijgewerkte Help-documentatie voor vliegtuig- en richtingindelingen.
• Bijgewerkte Help-documentatie voor groepsinterfaces en -indelingen.
• Vernieuwde het EU-handelsmerk GAMGI tot 2024.
• De broncode en documentatie-licentie bijgewerkt naar GPL v3.
• Gestart met sha256sum naar controlesom alle distributiebestanden.
• Hernieuwde registratie van de domeinregistratie van gamgi.org tot 2020.

Wat is nieuw in versie 0.17:

• Probleem met makefile opgelost (geïntroduceerd in gamgi0.15.6) in de GAMGI-branch waarvoor geen GtkGlExt-bibliotheek vereist is: de make_rules bevatten gtkglext-afhankelijkheden die er niet zouden moeten zijn.
• Vliegtuigen, Richtingen kunnen nu worden geselecteerd op projectienet: Wulff of Schmidt.
• Gesynchroniseerde code, documentatie en gegevensbestanden tussen verspreidingsbomen voor gamgi en gamgi_exp.
• Gecontroleerde dat / orbitale XML-bestanden voor het bijwerken van orbitale assen.
• Alle dat / XML-bestanden gecontroleerd om attribuuttype per label te vervangen in atoomelementen.
• Gecontroleerd alle dat / XML-bestanden om attribuuttype te vervangen door model, in vlak, richting, celelementen.
• Ten behoeve van de consistentie heeft de naamprojectie globaal vervangen door net in richting en vlakcode en XML-elementen.
• Terwille van de consistentie heeft de naam globaal de naam per model vervangen in cel-, vlak-, richtingcode en XML-elementen.
• Labeltype gewijzigd naar model in cel- & gt; Create and Cell- & gt; Wijzigen.
• Gewijzigde labelmethode om in Bond- & gt; Create.
te typen
• Bijgewerkte Help- & gt; Formats-documentatie voor XML-vlak- en richtingsobjecten.
• Bijgewerkte Help- & gt; Interfaces-documentatie voor type en projectie in vlak- & gt; Aanmaken, Vlak- & gt; Wijzigen, Richting- & gt; Aanmaken, Richting- & gt; Aanpassen.
• De atoomtemperatuur van Debye-Waller kan nu alleen waarden tussen 0,0 (blauw) en 100,0 (rood) aannemen, zoals gebruikelijk is in deze analyse.
• Bijgewerkte documentatie voor interfaces en indelingen voor Bond-objecten.
• De standaardtemperatuur van Debye-Waller is opgelost: de nieuwe waarde is 0,0, wat overeenkomt met een atoom met een bekende positie.
• Bijgewerkte documentatie van indelingen voor objecten Atom en Cel.
• Help- & gt; Huidig ​​en Help- & gt; Onderwerp kan nu de documentatie lezen voor Orbital- & gt; Modify.
• Schreef documentatie voor Orbital- & gt; Modify.
• Bijgewerkte documentatie voor Orbital- & gt; Create.
• Orbital-assen worden nu op een veel eenvoudigere manier verwerkt, in Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Modify en XML-native bestanden.
• Orbital- & gt; Select werkt nu prima voor alle opties, inclusief de vele eigenschappen die kunnen worden gebruikt om orbitalen te selecteren.
• Vereenvoudigde enigszins de functies gamgi_gtk_select _ *. c.
• Twee bugs opgelost in de H-orbitalencode, geïntroduceerd in GAMGI 0.16.6: 1) de termen rho ** L (van Laguerre polynomen) en 1 / r ** L (van Legendre-functies) heffen elkaar op , afgezien van een constante die ontbrak. 2) ontbrak de standaard straal berekening de rho ** L-term.
• Lijsten met vlakken kunnen nu worden geselecteerd op model: Polygon, Pole, Trace, Vector.
• Lijsten met richtingen kunnen nu worden geselecteerd op model: lijn, pool, spoor.

Wat is nieuw in versie 0.16.8:

• Verplaats in Stereographic Projections de z-height enigszins in poolbitmaps (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), zodat deze altijd boven sporen verschijnen. Dit lost een visuele storing op, maar maakt het ook veel gemakkelijker om palen met sporen te selecteren, omdat de kleuren nu duidelijk van elkaar zijn gescheiden.
• Gesplitste coderingen voor gamgi en gamgi_exp.
• Statische_druk bijgewerkt in Plane- & gt; Modify en Direcyion- & gt; Wijzig, zodat de objectnaam niet wordt overschreven door de automatische naaminstelling.
• Automatische naamverandering in vlak- & gt; Wijzigen en richting- & gt; Wijzigen werkt nu prima, voor kristallografische vlakken, diretcies.
• Een fout in Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: gevonden en verwijderd: in sommige gevallen is de objectnaam die door de gebruiker is aangegeven genegeerd.
• Een ernstige bug in Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: gevonden en verwijderd: na het maken van vlakken / richtingen met behulp van lijsten die eerder zijn gemaakt met het dialoogvenster Lijst op het tweede niveau, werden deze niet correct gereset. In sommige perioden zou dit GAMGI kunnen laten crashen.
• Een fout in Plane gevonden en verwijderd in & gt; Create en Direction- & gt; Create: Pole en Trace zijn niet altijd gelijktijdig gemaakt, indien nodig, maar telkens één.
• Orbital- & gt; Select werkt nu. Lijsten met orbitalen kunnen worden gekopieerd, gekoppeld, geselecteerd, gewijzigd, verwijderd, evenals voor andere objecten.
• Gesplitste coderingen voor gamgi en gamgi_exp.
• Fixed Cell- & gt; Link: het werkt (weer) prima voor lijsten met cellen, in objecten (boven en onder), Crystal en willekeurige modi.
• Een eenvoudige maar serieuze bug gevonden en verwijderd: wanneer meerdere vensters open waren en een lijst met objecten actief was en geselecteerd als het huidige object, zou Reset (maar niet Exit) Gamgi laten crashen.
• Cell- & gt; Link Random (RCP) werkte niet: vervangen door oudere code. Cell- & gt; Link heeft meer werk nodig.
• Opnieuw compileren met de vlag -O3.
• Er is een serieuze bug opgelost in alle dialoogvensters Object- & gt;, in de methode Regio: wanneer de steekproefrechthoek niet volledig in het grafische gebied was, zouden sommige van de gesamplede kleuren niet gedefinieerd zijn en zou GAMGI vastlopen als u op Ok drukt. De crashes zijn lang geleden gedetecteerd, maar de oorzaak was tot nu toe onduidelijk.

Wat is nieuw in versie 0.16.7:

• Gesynchroniseerde gamgi / dat en gamgi_exp / dat-databomen.
• Gesynchroniseerde documentatiebomen voor gamgi / doc en gamgi_exp / doc.
• Gesynchroniseerde gamridaregels voor gamgi / src en gamgi_exp / src.
• Meer GUI-fouten opgelost in Orbital- & gt; Modify.
• Vast orbitaal - & gt; Crashen wijzigen: orbitaal - & gt; punten moeten worden gereset naar 0.
• www.gamgi.org en ftp.gamgi.org worden nu geserveerd via een VM die wordt gehost in het IT-centrum van de Lisboa University. Hopelijk betekent dit meer betrouwbare verbindingen en minder tijd.
• Automatische naamsverandering in orbitaal - & gt; Modify werkt nu prima.
• Automatische naamswijziging in Atom- & gt; Modify werkt nu prima.
• Automatische naamverandering geïmplementeerd in Atom- & gt; Modify.
• Automatische naamverandering geïmplementeerd in Orbital- & gt; Modify.
• Orbit- & gt; Modify werkt nu voor enkele orbitalen. Lijsten met orbitalen moeten in de volgende release werken.
• Vertaling, Rotatie werkt nu goed voor Orbital- & gt; Modify.
• static_apply voor Orbital- & gt; Wijzigen is meestal voltooid.
• Voltooid static_grab voor Orbital- & gt; Modify.
• Statisch_ok_global en static_ok_local toegevoegd voor Orbital- & gt; Modify.
• Voltooid static_press voor Orbital- & gt; Modify.
• Het GUI-gedrag voor Orbital- & gt; Modify is bijna voltooid.
• Begonnen met werken op Orbital- & gt; Modify and Orbital- & gt; Select.
• Geactualiseerd gamgi_mesa_pick.c en gamgi_mesa_grab.c om rekening te houden met solide representaties van orbitalen.
• Een kleine fout in de orbitale assen mesa-tekencode gerepareerd.
• Laguerre-polynomen hebben een factor r ** L (L = hoekig kwantumnummer) die precies annuleert met de factor 1 / r ** L van de Legendre-functies, dus de wiskundige beschrijvingen van de H-orbitalen worden veel eenvoudiger! Met dank aan Jose Luis Martins voor het feit dat hij mij hierop heeft gewezen! Voor zulke lage waarschijnlijkheidsdichtheden (1E-6) zijn de numerieke problemen zo gevoelig dat de orbitale visuele representaties een beetje anders zijn, zelfs voor L = 1, na deze vereenvoudiging.

Wat is nieuw in versie 0.16.6:

• Gesynchroniseerde gamgi / dat en gamgi_exp / dat broncodeboomen.
• Gesynchroniseerde broncodebomen van gamgi / src en gamgi_exp / src.
• Schermafbeeldingen toegevoegd die de nieuwe representaties voor orbitalen weergeven.
• Licht verhoogde theta, phi nauwkeurigheid bij het bepalen van de bemonsteringsstraal van de orbitale standaard: getest tegen (6,5, -5) orbitaal (6hy5).
• Foutopsporingscode om signaalinterpolatie uit te voeren in vaste orbitalen. Werkt nu prima! Dit was echt het laatste obstakel om een ​​orbitale vertegenwoordiging van wereldklasse te hebben in GAMGI! Tijd voor screenshots! Toekomstig zullen we proberen het aantal hoekpunten, normalen en driehoeken te verminderen, en we kunnen Gorauld-arcering implementeren, maar niets van dit alles zal de wetenschappelijke en visuele mogelijkheden van ons huidige model veranderen. Een glaasje Port om te vieren!
• Er is een methode geïmplementeerd om signaalinterpolatie uit te voeren in vaste orbitalen om het eerder gevonden probleem met de onjuistheid van de signaalverandering op te lossen.
• Opgeschoonde code in gamgi_chem_orbital.c en gamgi_chem_orbital.h.
• Bug gerepareerd: de orbitale kansdichtheid is niet goed geëxporteerd naar XML-bestanden.
• Orbitassen zijn nu eenvoudiger te gebruiken en hebben meer opties.
• De signaalcode werkt nu: 3D-orbitalen zien er echt fantastisch uit, maar de signaalcode moet worden verfijnd, omdat het ontbreken van interpolatie te veel visuele ruis veroorzaakt wanneer het signaal verandert.
• Vaste code om positieve en negartieve driehoeken om te wisselen
• Vaste de signaalinterpolatiecode in static_edge.
• Een interpolatievraag opgelost met betrekking tot het orbitale isosurface-uieffect: forcefractie tot het bereik [0,1].
• Vaste orbitale vaste coderandoriëntatie: dit is nodig voor exacte interpolatie.
• Fixed numerical inaccuries: gewoon een bug die de kubussen splitst (zoals op een 3D schaakbord). Ziet er nu geweldig uit!
• Debugged de vaste orbitale 3D-code, blijkbaar werkt het prima, nog steeds met wat numerieke onnauwkeurigheden in het oppervlak.

Wat is nieuw in versie 0.16.5:

• Baanobjecten kunnen nu worden geëxporteerd, geïmporteerd naar GAMGI native XML-bestanden. De recursieve static_outside-routine vervangen door een lus- en een stapelversie, waardoor een kritisch knelpunt in de vaste-orbitaalcode is verwijderd. Opgeloste lekken in GTK-code, sintax-bugs in objectselectie op kleur, waarschuwingen vanwege niet-gebruikte variabelen, enz.

Wat is nieuw in versie 0.16.4:

• Gesynchroniseerde gamgi en gamgi_exp bronvertakkingen.
• Bijgewerkt make_local, om de paden toe te voegen: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, gebruikt door Ubuntu.
• Probleem opgelost in de nieuwe solide orbitaalcode: de r-lengtetest is logisch in de bekabelde weergave, maar niet in de vaste representatie!
• De nieuwe recursieve code werkt in het slechtste geval voor bitarrays tot 160x160x160.
• De recursieve code om buitenoppervlakken te vinden, loopt vast voor bitarrays groter dan 50x50x50. Op zoek naar een lusalternatief.
• Orbitale code: golffunctie-interpolatie om de op driehoeken gebaseerde weergave te produceren, werkt heel goed.
• De op driehoeken gebaseerde 2D-rendering van vlakke oppervlakken in H-gebaseerde orbitalen is nu goed getest en werkt prima! Dit is cruciaal om een ​​op octanten gebaseerde weergave van deze orbitalen te bouwen, waarbij gebruikers kunnen kiezen welke octanten moeten worden weergegeven.
• Nieuwe mirrors toegevoegd, http://atom.ist.utl.pt en ftp://atom.ist.utl.pt, om gamgi.org te hosten.
• Goede structuur- en info-bestanden toegevoegd voor beta-kwarts, beta-cristobaliet en beta-trydimiet op hoge temperatuur.
• Een nieuwe mirror geïmplementeerd: http://gamgi.ist.utl.pt/ of http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Vereenvoudigd de manier waarop H-orbitale octanten worden geselecteerd in de bekabelde modus.
• schreef voor elke H-orbitale octant de topologische code om alle driehoeken te maken die nodig zijn om het buitenste 3D isosurface (tetra-cubes algoritme) te beschrijven, plus de interne 2D-octantgrenzen.
• schreef en testte voor elke H-orbitaal-octant de bitarraycode die nodig is om de binnenste isofvlakken te verwijderen en alleen de buitenste te tonen.
• Vereenvoudigde de octant binaire code in gamgi_chem_orbital.c.

Wat is nieuw in versie 0.16.3:

• Verbeterde leesbaarheid in alle dialoogvensters Object- & gt; Kopiëren
• Toegevoegde documentatie voor Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Copy, Orbital- & gt; Link and Orbital- & gt; Remove.
• Opgewaardeerde Help- & gt; Huidige en Help- & gt; Onderwerp om Orbital toe te wijzen- & gt; Maken, Orbital- & gt; Kopiëren, Orbital- & gt; Link, Orbital- & gt; Verwijderen.
• Gesynchroniseerde gamgi en gamgi_exp-bomen.
• Orbital- & gt; Link werkt nu prima (lijsten met orbitalen die nog niet zijn geïmplementeerd).
• Probleem opgelost in alle link_object.html-bestanden, resulterend in een GAMGI-foutmelding toen het Help-subsysteem een ​​van deze bestanden probeerde te openen.
• Orbital- & gt; Kopiëren werkt nu prima (lijsten met orbitalen zijn nog niet geïmplementeerd).
• Orbital- & gt; Remove werkt nu prima (lijsten met orbitalen die nog niet zijn geïmplementeerd).
• Gestart met het bouwen van de dialogen Orbital- & gt; Copy, Orbital- & gt; Link en Orbital- & gt; Remove.
• De indeling van de Octants in het dialoogvenster Orbital- & gt; Create is nu veel intuïtiever.

Wat is nieuw in versie 0.16.2:

• Gesynchroniseerde gamgi / (met GtkGLExt) en gamgi_exp / (met GLX) versies.
• Het filteren van volume-octanten werkt nu goed voor H-orbitalen.
• Afgeronde zoekopdracht naar de beste standaardwaarden voor op H gebaseerde orbitalen. De standaarddichtheid is 1E-6, wat nodig is om alle regio's in 6s orbitalen te tonen. Punten is 50000 x n, wat een redelijk compromis is. Standaardradius wordt berekend door te scannen vanaf het laatste maximum in radiale F2R2-dichtheid plus een minimale lengte van 2,0, totdat de maximale dichtheid (zoeken op theta, phi) lager wordt dan de standaarddensiteit.
• Verbeterd, het dialoogvenster Orbital- & gt; Create opnieuw ontworpen
• H-orbitalen werken nu prima in Gamgi. Zoek nu naar de beste standaardwaarden.
• Alle code toegevoegd die nodig is om H-orbitalen te maken en weer te geven.
• Geoptimaliseerde H-orbitaalcode voor snelheid.
• Bereken voor alle op waterstof gebaseerde orbitalen van n = 1 tot 6 de afstanden voor radiale polinomia-maxima.
• Voor alle op waterstof gebaseerde orbitalen van n = 1 tot 6, berekend de afstanden voor radiale polinomia-nullen.
• Baanobjecten kunnen nu worden gemaakt, geschaald (rond het huidige midden), verplaatst, geroteerd, net als elk ander Gamgi-object.
• Het dialoogvenster Orbital- & gt; Create voltooid om op waterstof gebaseerde orbitalen te bouwen.
• Schreef de grafische engine-code om waterstofgebaseerde orbitalen in gestippelde modus weer te geven.
• Toegevoegd en getest de s, p, d, f, g, h Op waterstof gebaseerde orbitalen voor n = 6, in cartesische x-, y-, z-coördinaten.

Vereisten

• GTK +