Biopython

Software screenshot:
Biopython
Software informatie:
Versie: 1.65
Upload datum: 1 Mar 15
Licentie: Gratis
Populariteit: 140

Rating: 5.0/5 (Total Votes: 1)

Ontwikkeld een internationaal team van ontwikkelaars is het een gedistribueerde gezamenlijke inspanning om Python bibliotheken en toepassingen die aan de behoeften van de huidige en toekomstige werken in de bioinformatica te pakken.

Wat is nieuw in deze release:.

  • Bio.Phylo heeft nu boom bouw en consensus modules, uit op de GSoC werk van Yanbo Ye
  • Bio.Entrez zal nu automatisch te downloaden en te cachen nieuwe NCBI DTD-bestanden voor XML parsing onder de gebruiker home directory (met behulp van ~ / .biopython op Unix-achtige systemen, en $ APPDATA / biopython op Windows).
  • Bio.Sequencing.Applications bevat nu een wrapper voor de samtools command-line tool.
  • Bio.PopGen.SimCoal ondersteunt nu ook fastsimcoal.
  • SearchIO hmmer3-tekst, hmmer3-tabblad, en hmmer3-domtab ondersteunen nu output van hmmer3.1b1.
  • BioSQL kunnen nu gebruik maken van de mysql-connector-pakket (beschikbaar voor Python 2, 3 en pypy) als alternatief voor MySQLdb (Python 2) om verbinding te maken met een MySQL-database.

Wat is nieuw in versie 1.63:

  • Nu gebruikt de Python 3 stijl ingebouwde volgende functie in plaats van .Volgende de Python 2 stijl iteratoren 'methode ().
  • De huidige versie verwijderd de eis van de 2to3 bibliotheek.

Wat is nieuw in versie 1.62:.

  • Eerste release van Biopython die officieel ondersteunt Python 3

Wat is nieuw in versie 1.60:

  • Nieuwe module Bio.bgzf ondersteunt het lezen en schrijven BGZF bestanden ( geblokkeerd GNU zip-formaat), een variant van GZIP met efficiënte willekeurige toegang, meestal gebruikt als onderdeel van het BAM-bestandsformaat en in tabix.
  • De GenBank / EMBL parser zal nu een waarschuwing op niet-verantwoorde functie locaties en blijven parsing (het verlaten van de locatie van de functie als geen).
  • De Bio.PDB.MMCIFParser wordt nu samengesteld door standaard (maar is nog steeds niet beschikbaar onder Jython, pypy of Python 3).

Wat is nieuw in versie 1.59:

  • Nieuwe module Bio.TogoWS biedt een wrapper voor de TogoWS REST API.
  • De NCBI Entrez Fetch functie Bio.Entrez.efetch is bijgewerkt naar de NCBI's strikter hanteren van meerdere ID argumenten hanteren in EFetch 2.0.

Wat is nieuw in versie 1.58:

  • Een nieuwe interface en parsers voor de PAML (fylogenetische analyse door Maximum Likelihood) pakket programma's ondersteunen codeml, baseml en yn00 en een Python herimplementatie van chi2 toegevoegd als Bio.Phylo.PAML module.
  • Bio.SeqIO bevat nu lezen ondersteuning voor ABI-bestanden (& quot; Sanger & quot; capillaire sequencing trace bestanden, met daarin de naam sequence met PHRED kwaliteiten)
  • .
  • De Bio.AlignIO & quot; fasta-m10 & quot; parser is bijgewerkt om te gaan met de marker lijnen zoals gebruikt in Bill Pearson's FASTA versie 3.36.

Wat is nieuw in versie 1.57:.

  • Biopython kan nu worden geïnstalleerd met pip

Wat is nieuw in versie 1.56:

  • De Bio.SeqIO module is bijgewerkt om te ondersteunen eiwit EMBL bestanden (voor de octrooien database), IMGT bestanden (een variant van de EMBL bestandsformaat, met behulp van Uri Laserson) en UniProt XML-bestanden.

Wat is nieuw in versie 1.55:

  • Een hoop werk is geweest in de richting van Python 3 ondersteuning (via de 2to3 script), maar tenzij we iets kapot zou u geen veranderingen opmerken.
  • In termen van nieuwe functies, de meest opvallende hoogtepunt is dat de command-line tool toepassing wrapper klassen zijn nu uitvoerbaar, die moet het veel gemakkelijker om externe instrumenten noemen.

Eisen

  • Python 2.6 of hoger

Vergelijkbare software

Math.js
Math.js

9 Feb 16

Euphorie
Euphorie

12 Apr 15

CodeCop
CodeCop

28 Feb 15

Reacties op Biopython

Reacties niet gevonden
Commentaar toe te voegen
Zet op de beelden!