PathVisio

PathVisio is een open source en helemaal gratis grafische applicatie geïmplementeerd in de programmeertaal Java en ontworpen vanaf de grond opgebouwd om te worden gebruikt voor het weergeven, analyseren en bewerken van biologische pathways onder een GNU / Linux besturingssysteem system.Can worden gebruikt om paden te tekenen , verwijzen biologische entitiesThe software laat gebruikers paden te tekenen, te koppelen biologische entiteiten (proteïnen of genen) aan biologische gegevens, met behulp van database-id's, bewerk paden, alsmede op trajecten te analyseren. Met PathVisio je zult ook in staat zijn om in kaart experimentele gegevens, zoals microarray data, en visualiseer het op de top van de bestaande route tekening.
Daarnaast zal je in staat om een ​​gen-database te selecteren, selecteert u een metabole database, statistieken bekijken, import expressie data, selecteer uitdrukking dataset, zoeken paden, uitzicht legende, manipuleren voorwerpen, import projecten, evenals het installeren en beheren van plugins, die kan extra functionaliteit toe te voegen aan de app.Requires geen installationThe applicatie kan zonder het te installeren op uw GNU / Linux besturingssysteem worden gebruikt. Alles wat je hoeft te doen is om het binaire pakket te downloaden van Softoware, bespaart het archief op een locatie van uw keuze, pak het uit met behulp van een archief manager nut, opent u de uitgepakte map en dubbelklik op het pathvisio.jar file.Under de hoodWhile het nemen van een snelle blik onder de motorkap van de PathVisio software, we & rsquo; ve gemerkt dat de aanvraag volledig is geschreven in de programmeertaal Java, en dat de grafische gebruikersinterface is ontworpen met de nieuwste Java Swing-technologieën. We & rsquo; ve de toepassing op computers ondersteunen van een van de 32 of 64-bit CPU architectures.Runs op elk OS waar Java is supportedBeing geschreven in de programmeertaal Java met succes getest, kan PathVisio worden verklaard een platform-onafhankelijke applicatie die GNU / Linux ondersteunt , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, en elk ander besturingssysteem waar de nieuwste Java-technologieën worden ondersteund

Wat is nieuw in deze release:.

• 31 januari 2014: Bug fix release
• GeneOntology termen worden nu verwijderd uit Zoekresultaten voor annotaties
• DataNodes moeten worden geannoteerd met ID en Datasource of niets (het opslaan van data nodes met slechts ID of gegevensbron is niet meer toegestaan)

Wat is nieuw in versie 3.1.2:

• Major bug in importbestand module vast: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Wat is nieuw in versie 2.0.11:

• de autosave
• Zoom behulp scrollwiel
• De selectie van lijnen is eenvoudiger: niet meer nodig om op de juiste pixel
• Nu met twee methoden voor de oververtegenwoordiging analyse; één pathway-georiënteerde en een data-georiënteerde

Wat is nieuw in versie 2.0.10:

• Nieuwe manier van tekenen afgeronde rechthoeken om te voorkomen dat zich uitstrekt effect
• Diverse kleine bugfixes

Wat is nieuw in versie 2.0.9:

• Nieuw type connector voor aansluiting van willekeurige lengte en willekeurige hoeken
• Nieuwe & quot; cellulaire component & quot; onroerend goed voor het opslaan van de biologische betekenis van een compartiment
• Nieuwe & quot; dubbel & quot; lijn type (vooral handig voor dubbel-membraanvleugels organellen)
• klikbare hyperlinks in paden
• zie mijlpaal: & quot; milestone_27 & quot; voor een volledige lijst van bug-fixes

Wat is nieuw in versie 2.0.8:

• Verbeterde vormen voor cellulaire componenten
• Een paar usability verbeteringen, zoals copy / paste in het popup-menu
• zie mijlpaal: & quot; milestone_26 & quot; voor een volledige lijst van bug-fixes

Wat is nieuw in versie 2.0.7:

• werkbalk iconen en nieuwe zijpaneel om het gemakkelijker te maken te typen pijl en vormen te selecteren (met dank liubing)
• Pathway databases zijn opgenomen als gegevensbron, zodat u koppelingen kunt toevoegen van de ene route naar de andere
• BioPAX converter is verbeterd en produceert meer geldig BioPAX documenten.
• nieuw type connector waar de afzonderlijke punten kunnen worden gemanipuleerd (met dank leonth)
• Aantal gegevensbronnen is verhoogd tot meer dan 180
• zie mijlpaal: & quot; milestone_25 & quot; voor een volledige lijst van bug-fixes

Wat is nieuw in versie 2.0.6:

• Het aantal ankers op een vorm kan worden verhoogd van de standaard 12.
• Een legende van de data visualisatie kan nu worden getoond op pad image zelf. Voorheen was het alleen zichtbaar in een zijpaneel.
• zie mijlpaal: & quot; milestone_24 & quot; voor een volledige lijst van bug-fixes

Wat is nieuw in versie 2.0.4:

• verbeterd tekstopmaak van vormen, labels en datanodes
• veel meer vormen voor datanodes
• eenvoudige pixelcoördinaten
• instellen als achtergrond kleur op datanodes

Wat is nieuw in versie 2.0.3:

• Het meest opvallend in deze release is de nieuwe XML Schema voor de GPML pad formaat (versie 2010a). Deze nieuwe route formaat zal veel nieuwe grafische mogelijkheden stellen de toekomst, kunt u zich verheugen op een aantal van die te zien zijn in de volgende release.
• Andere nieuwe features:
• De onzichtbare ankers zijn echt onzichtbaar, tenminste als er iets is aangesloten op hen (Met dank aan Margot)
• Extra -v command line optie (met dank aan Mark)
• Momenteel geselecteerde database wordt goed weergegeven in de statusbalk weer
• Veel nieuwe extensie punten voor plugin ontwikkelaars
• zie mijlpaal: & quot; milestone_21 & quot; voor een volledige lijst van bug-fixes

Wat is nieuw in versie 2.0.1:

• Verbeterde algoritme voor automatische connectoren die wijzen op een anker .
• Verbeterde tekening van de pijl types die een korte & quot hebben; gat & quot; eind.
• Aangezien de Thawte freemail dienst is geannuleerd, we bijgewerkt onze Security Certificate
• De weg Historie kijker had een bug waar elke lijn werd beschouwd als gewijzigd, ook al was het niet. Dit is opgelost.

Eisen

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment