MacMolPlt

MacMolPlt is een Chemie visualisatie tool die kan worden gebruikt om moleculen te bouwen met een geïntegreerde grafische modelbouwer, creëren input-bestanden voor de GAMESS computationele chemie programma en visualiseren van de resultaten van de computationele chemie loopt. Kenmerken omvatten een hoogwaardige 3D-weergave, animaties van de normale modi en reactiesequenties en output aan een verscheidenheid van formaten, inclusief beelden van hoge kwaliteit en QuickTime en Flash-films.

• Input gebruiken:
• MolPlt bestandsformaat geslagen door GAMESS
• Door plakken in cartesiaanse coördinaten van elke GAMESS of Gauss log file
• elke GAMESS ingang, log of irc bestand
• Xmol stijl XYZ bestand
• MOLDEN formaat bestanden
• Protein Data Bank (pdb bestand)
• Chemical Markup Language (CML) bestanden
• Build grafisch met een interactieve molecuul editor
• Bouwen met de hand met cartesische of Z-Matrix stijl interne coördinaten
• 3D-weergave van de structuur en de normale modus
• Animatie van normale modi.
• 3D real-time rotatie en translatie onder besturing van de muis
• Berekening van elke Z-matrix parameter
• Visueel maatregel / display afstanden, hoeken en tweevlakshoeken.
• Automatische creatie van de lineaire kleinste Motion (LLM) paden
• 2D- en 3D-berekening en weergave van:
• Moleculaire orbitalen (AO's, MO's, of LMO's)
• Totaal elektronendichtheid
• Dichtheid verschillen
• Moleculaire Elektrostatisch Potentials (MEPMaps)
• Basic input file generator voor GAMESS
• OpenGL gebruikt voor hoogwaardige 3D-rendering
• Ondersteuning voor moleculaire symmetrie
• Genereer symmetrie afhankelijk atomen
• Bepaal symmetrie unieke atomen
• Bepaal automatisch de lijst met ondersteunde puntgroepen voor een set van coördinaten.
• Roteren coördineert in de juiste principe oriëntatie
• Display symmetrie operatoren voor vele groepen met
• de kwaliteit Publicatie uitgang (kleur of zwart-wit) via direct printen of kopiëren en plakken in een andere toepassing.
• De productie in een verscheidenheid van vormen, waaronder Windows bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Flash-films en QuickTime-films.

Wat is nieuw in deze release:

Een aantal verbeteringen zijn aangebracht in het display code. Zijn toegevoegd aan de 3D Pane van de prefernces soepel shading met en zonder schaduwen.
Toegevoegd rudimentaire ondersteuning voor Mopac bestanden.
Optie toegevoegd om zichtbaarheid van ab initio, MM, en EFP atomen schakelen.
Verbeterde ondersteuning voor Model Core Potentials.
Toegevoegd een haak in de input bouwer voor het nieuwe GAMESSQ programma.
Verbeterde het VOB bestand parser.