tapir

Software screenshot:
tapir
Software informatie:
Versie: 1.0
Upload datum: 11 May 15
Licentie: Gratis
Populariteit: 2

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

tapir is een Python instrument dat bevat programma's in te schatten en plot fylogenetische informativiteit voor grote datasets.
Onder verwijzing tapir
Bij het gebruik van tapir, graag met vermelding van:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir zorgt voor een hoge doorvoer analyse van fylogenetische informativiteit.
- Townsend JP: profileren fylogenetische informativiteit. Systematische Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: hypothese testen met behulp van fylogenieën. Bioinformatica 2005, 21: 676-679.
installatie
Voor het moment, de makkelijkste manier om het programma te installeren is:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / pad / naar / tapir
Om tests uit te voeren:
cd / pad / naar / tapir /
python test / test_townsend_code.py
Gebruik
De estimate_p_i.py code roept een batchbestand voor hyphy dat in templates /. Dit bestand moet in dezelfde positie ten opzichte van waar u estimate_p_i.py zetten. Als je, zoals hierboven dunner te installeren, zult u fijn zijn, voor het moment.
Rennen:
cd / pad / naar / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - uitgang uitvoer_directory
& Nbsp; - tijdperken = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - keer = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing is optioneel, zonder dat, zal elke locus achtereenvolgens worden uitgevoerd.
Als u al het bovenstaande en opgeslagen resultaten om uw output map hebt uitgevoerd (zie hieronder), kunt u de pre-bestaande site-rate-records te gebruiken in plaats schatten die opnieuw met:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - uitgang uitvoer_directory
& Nbsp; - tijdperken = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - keer = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - website-tarieven
Resultaten
tapir schrijft resultaten naar een SQLite database in de output directory van uw keuze. Deze directory bevat ook ter plaatse tarief bestanden in JSON formaat voor elke locus gepasseerd tapir_compute.py.
U kunt de resultaten in de database als volgt. Voor meer voorbeelden, waaronder plotten, zie de documentatie
- Crank up SQLite:
& Nbsp; sqlite3 uitvoer_directory / fylogenetische-informativeness.sqlite
- Krijgen integrale gegevens voor alle tijdperken:
& Nbsp; select locus, interval, pi van loci, interval waarbij loci.id = interval.id
- Krijgen integrale gegevens voor een specifiek tijdperk:
& Nbsp; select locus, interval, pi van loci, interval
& Nbsp; waarbij interval = '95 -105 'en loci.id = interval.id;
- Krijgen de telling van loci met max (PI) op verschillende tijdperken:
& Nbsp; maken tijdelijke tabel max als select id, max (pi) als maximum van interval groep door id;
& Nbsp; maken tijdelijke tabel t als select interval.id, interval, maximum van interval, max
& Nbsp; waarbij interval.pi = max.max;
& Nbsp; selecteren interval, count (*) uit t de groep door interval;
Dankwoord
Wij danken Francesc Lopez-Giraldez en Jeffrey Townsend voor het verstrekken van ons met een kopie van hun web-applicatie source code. . BCF dankzij S Hubbell en P Gowaty

Eisen

  • Python
  • scipy
  • NumPy
  • DendroPy
  • hyphy2 (download dan of bouwen van een single-threaded hyphy2)

Vergelijkbare software

tigreBrowser
tigreBrowser

11 May 15

Seal
Seal

14 Apr 15

HTSeq
HTSeq

20 Feb 15

Genepidgin
Genepidgin

20 Feb 15

Andere software van ontwikkelaar Brant Faircloth, Jonathan Chang and Mi...

picme
picme

11 May 15

Reacties op tapir

Reacties niet gevonden
Commentaar toe te voegen
Zet op de beelden!