SSuMMo

SSuMMo is een bibliotheek van functies ontworpen rond iteratief gebruik HMMER om sequenties toewijzen aan taxa & nbsp;. De resultaten zijn zeer geannoteerde bomen met species / genus distributie binnen die gemeenschap.
Programma's die bij de broncode bevatten tools waarmee u: -
- Bouw een hiërarchische databank van verborgen Markov Models - dictify.py;
- Sequenties toe te wijzen aan erkende taxonomische namen - SSUMMO.py;
- Analyseren van de biologische diversiteit, met behulp van Simpson, Shannon & andere methoden- rankAbundance.py;
- Resultaten te visualiseren als cladogrammen met een duidelijke mogelijkheid om gemakkelijk cross-vergelijken datasets - comparative_results.py
- Resultaten aan phyloxml formaat te converteren: dict_to_phyloxml.py;
- Build html representatie - dict_to_html.py.
- Perceel verdunning bochten en bereken bijbehorende biodiversiteit indices
Python broncode is hier voorzien, op google code. De voorgebouwde hiërarchische databank van HMM's, evenals een geoptimaliseerde SQL taxonomie database (gebruikt voor het afleiden van gelederen van elk taxon) kan worden gedownload van: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Voor het installeren informatie, verwijzen wij u naar de README. Voor informatie over het gebruik, er is een wiki (boven), en een voorlopige handleiding is toegevoegd aan de svn trunk

Eisen .

• Python