mpiBLAST is een MPI gebaseerd parallelle uitvoering van NCBI BLAST. Het project bestaat uit een paar programma's die formatdb vervangen en blastall met versies die BLAST banen te voeren in parallel op een cluster van computers met MPI geïnstalleerd. Er zijn twee belangrijke voordelen aan het gebruik mpiBLAST versus traditionele BLAST.
Eerst mpiBLAST splitst het gegevensbestand over elk knooppunt in het cluster. Door segment van de gegevensbank elk knooppunt kleiner kan gewoonlijk bevinden in de buffer-cache, waardoor een aanzienlijke versnelling door het wegvallen van disk I / O. Ten tweede, het laat BLAST gebruikers om te profiteren van een efficiënte, low-cost Beowulf clusters, omdat interprocessor communicatie eisen zijn laag.
mpiBLAST bereikt super-lineaire versnelling in situaties waarin de database is te groot om te passen in RAM, en bijna lineaire versnelling in andere situaties. Het duurt niet een dedicated cluster nodig.
Vereisten:
Reacties niet gevonden