MetagenomeDB

MetagenomeDB is een Python library ontworpen om gemakkelijk op te slaan, op te halen en te annoteren metagenomic sequenties & nbsp;. MetagenomeDB fungeren als een abstractielaag bovenop een MongoDB database. Het biedt een API om twee soorten objecten, namelijk sequenties en collecties aan te maken en aan te passen en aan te sluiten:
& Nbsp; * sequenties (Sequence klasse) kunnen worden leest, contigs, PCR-klonen, etc.
& Nbsp; * collecties (Collection klasse) vertegenwoordigt sets van sequenties; bijvoorbeeld, leest gevolg van de sequentie van een monster contigs samengesteld uit een stel leest, PCR bibliotheek
Elk object kan worden geannoteerd met behulp van een woordenboek-achtige syntax:
# Eerste, importeren we de bibliotheek
import MetagenomeDB als MDB
# Dan een nieuwe Sequence object met twee creëren we
# (Verplicht) woningen, 'naam' en 'volgorde'
s = mdb.Sequence ({"naam": "My sequentie", "sequentie": "ATGC"})
# Het object kan nu worden geannoteerd
afdruk s ["lengte"]
s ['type'] = "lezen"
# Keer gewijzigd, moet het object dat moet worden gepleegd
# De database voor de veranderingen blijven
s.commit ()
Objecttype Sequence of Verzameling kunnen worden verbonden met elkaar om verschillende metagenomic datasets vertegenwoordigen. Voorbeelden omvatten, maar zijn niet beperkt tot:
& Nbsp; * collectie leest als gevolg van een sequencing run (relatie tussen meerdere Sequence objecten en één Collection)
& Nbsp; * set contigs als gevolg van de montage van een reeks leest (relatie tussen twee Collection objecten)
& Nbsp; * leest die deel uitmaken van een contig (relatie tussen meerdere Sequence objecten en een Sequence)
& Nbsp; * sequentie die vergelijkbaar is met andere sequentie (Sequentie ID's van twee voorwerpen)
& Nbsp; * collectie, die deel uitmaakt van een grotere verzameling (relatie tussen twee Collection objecten)
Het resultaat is een netwerk van rijen en verzamelen, die kunnen worden onderzocht met behulp van specifieke methoden; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Elk van deze methoden zorgen voor geavanceerde filters met behulp van de MongoDB opvragen syntax:
# Lijst van alle collecties van het type 'collection_of_reads'
# De opeenvolging 's' behoren tot
verzamelingen = s.list_collections ({"type": "collection_of_reads"})
# Lijst van alle reeksen die ook deel uitmaken van deze collecties
# Met een lengte van ten minste 50 bp
voor c in collecties:
& Nbsp; afdrukken c.list_sequences ({"lengte": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB biedt ook een set van command-line tools om nucleotidesequenties te importeren, eiwit sequenties, BLAST en FASTA uitlijningsalgoritmen output, en ACE assemblage bestanden. . Andere hulpmiddelen zijn bedoeld om meerdere objecten toe te voegen of te verwijderen, of om ze te annoteren

Eisen

• Python