MACS2

MACS2 is een model gebaseerde analyse tool voor ChIP-Seq gegevens.
Met de verbetering van sequencing technieken, chromatine immunoprecipitatie gevolgd door high throughput sequencing (ChIP-Seq) wordt steeds populairder om genoom-brede eiwit-DNA interacties te bestuderen. Om het gebrek aan krachtige ChIP-Seq analysemethode pakken, stellen we een nieuw algoritme genoemd Model-gebaseerde analyse van ChIP-Seq (MACS), voor het identificeren van transcriptie factor bindingsplaatsen. MACS vangt de invloed complexiteit genoom de betekenis van verrijkte ChIP regio's te bepalen, en MACS verbetert de ruimtelijke resolutie van bindingsplaatsen door het combineren van de gegevens van zowel sequencing tag positie en oriëntatie. . MACS kan gemakkelijk worden gebruikt voor de chip-Seq gegevens alleen, of met controle monster met de toename van de specificiteit

Eisen

• Python