CodonW

CodonW is een programma ontworpen om de Multivariate analyse (correspondentie-analyse) van codon en aminozuur gebruik te vereenvoudigen. Het berekent ook de standaard indices van codongebruik. Het heeft zowel menu en command-line interfaces.
De CodonW project werd geschreven door John Peden in het lab van Paul Sharp, Dept Genetica, Universiteit van Nottingham. John werkt in de menselijke genetica en is momenteel werkzaam als ProCardis database manager aan de WTCHG in Oxford University.
Hier zijn een aantal belangrijke eigenschappen van "CodonW":
· Geschreven in ANSI compliant C
· Menugestuurd
· Uitgebreide aantal command line opties
· Genetische code onafhankelijke
· Geen beperkingen op
1. aantal sequenties
2. sequentielengte
· Berekent de codongebruik indices
1. CAI: Codon aanpassing index
2. Fop: Frequentie van optimale codons
3. nc: Effectief aantal codons
4. CBI: Codon Bias Index
· Berekent aminozuur indices
1. GRAVY score
2. Aromaticiteit
· Berekent correspondentie analyse van
1. Codon Usage
2. RSCU (Relative synoniem codongebruik)
3. Amino zuur gebruik
· Correspondentie analyse
1. kan include / exclude codons / aminozuren
2. kunt gedetailleerde rapporten van de trends genereren
3. pogingen om optimale codons automatisch te identificeren
4. kunnen aanvullende gegevens laten sets te worden toegevoegd
5. registreert een aantal trends
· Berekent gen parameters
1. Gene lengte
2. GC, GC3s en codonpositie specifieke G + C
3. Dinucleotide samenstelling (alle drie codon frames)
4. Aminozuur gebruik
5. Relatieve aminozuur gebruik
6. Codon gebruik
7. Relatieve Synoniem codongebruik
· Can conceptueel vertaalt eiwit sequenties
· Geformatteerd sequence data
· Mens of machine leesbare uitgang
· Kan aaneenschakelen genen (met behoud van reading frame) te berekenen
1. algehele codongebruik
2. GC-gehalte
3. Dinucleotide samenstelling
· Genereert tafels van codon, aminozuren, of RSCU gebruik
· Kan zelfs helpen de genetische code te leren.
· En meer